Ratchet & Clank Future: A Crack in Time

Continuando desde o fim da Quest for Booty, Clank foi raptado pelo Zoni para um lugar chamado o Grande Relógio em nome do robô Dr. Nefarious, que está a tentar descobrir o segredo da instalação a partir dele. Tentativas nefastas de aceder aos bancos de memória de Clank para a chave de algo chamado Câmara Orvus, mas não é permitido fazê-lo por causa do Zoni. Nefarious liberta então o seu Scrambler Hypersonic Brainwave, provocando a fuga do Zoni e a ocorrência de um blackout. Quando o poder é restaurado, Clank acordou e tenta escapar, mas é apanhado por Nefarious e o seu mordomo, Lawrence, e prontamente imobilizado.
Clank acorda mais tarde para se encontrar com um robô chamado Sigmund, que é o Guardião Júnior das instalações, sem qualquer sinal de Nefando e as suas tropas. Através da utilização de estações denominadas câmaras mnemónicas que se ligam aos seus bancos de memória, Clank fica a saber que o Grande Relógio foi construído pelo cientista Zoni Orvus como um meio de curar os danos causados ao universo através do uso indevido excessivo do tempo de viagem. Uma parte de Orvus ainda reside nos bancos de memória de Clank, lá colocados quando Clank foi construído pelo Zoni, para que um dia Clank pudesse ocupar o manto de Senior Caretaker, com a ajuda do Zoni. Clank também fica a saber que o seu pai partiu para um posto avançado em Zanifar e nunca mais regressou ao Relógio.
Entretanto, Ratchet e Qwark exploram o Sistema Breegus para obter informações sobre Clank e Nefarious. Ficam a saber de um "exílio" que também luta contra os Nefastos, e traçam o ser até outro Lombax, o General Alister Azimuth. Ao explorar Krell Canyon para um Olho Obsidiano falar com Clank, Azimuth diz a Ratchet que sabe dos seus pais e que foi por sua culpa que o Imperador Tachyon conseguiu chegar ao poder, tendo partilhado com ele o génio técnico dos Lombaxes. Quando os Lombaxes partiram para outra dimensão, Azimute foi forçado a ficar para trás como castigo pelos seus "crimes". Azimute também conta a Ratchet sobre o Grande Relógio, e que eles poderão usá-lo para trazer os Lombaxes de volta a este universo. Depois de falar com Clank através de um Olho Obsidiano e salvar Qwark de um grok de guerra chamado Bola de Neve, Ratchet usa um portal do tempo em Zanifar para descobrir o que aconteceu a Orvus. Nefarious capturou o Zoni para tentar entrar na Câmara de Orvus, mas falhou depois de Orvus ter desaparecido no ar. Ratchet conseguiu escapar e salvar Azimute do capanga do Nefarious, Lord Vorselon. (Mas não antes de alterar a aparência de Nefarious, dando ao seu eu passado uma cicatriz permanente no seu olho direito)
Ratchet e Azimuth conseguem libertar Clank de um outro grupo de mulheres nefandesas, as Valquírias. Clank consegue então persuadir Ratchet de que o plano da Azimuth de usar o Relógio destruiria inevitavelmente o universo, levando a Azimuth a sair tristemente. Ratchet, Clank & Qwark lançam então uma missão furtiva a bordo da base "Nefarious", mas acabam por ser apanhados. Antes de lançar Ratchet e Clank num asteróide para o espaço profundo, Nefarious revela que planeia usar o Grande Relógio para voltar no tempo para enganar os vários heróis através do universo e criar um presente onde os vilões reinarão sempre supremos. O asteróide Ratchet e Clank cai num planeta próximo (Planeta Morklon), embora os dois estejam ilesos devido ao Zoni que os protege. Eles vêem que o mundo em que aterraram foi destruído. Um fongiod sobrevivente chamado Yurik revelou que isto foi causado pelos agorianos há dez anos atrás e contou a história da batalha de Gimlick Valley. Um dia, os agorianos atacaram subitamente a pacífica aldeia e capturaram muitos habitantes de Fongiod. O líder da tribo e um exército de soldados foram reunidos para lutar, apenas para que o líder da tribo fosse morto e os agorianos destruíram a barragem que exterminava a aldeia de Fongoid. Utilizaram um portal temporal semelhante de Zanifar para salvar os Fongoids dos últimos dez anos para a batalha do vale de Gimlick. Entram em combate com o filho Yurik de Agorians, que diz a Ratchet para salvar os prisioneiros. Depois de libertar os prisioneiros com a ajuda dos Fongoids, confrontam o Comandante Argos, um general agoriano que estava a pilotar a sua nave. A dupla destrói o navio quando este se afunda na barragem. Os Fongoids aplaudiram na vitória e depois a dupla regressou ao presente onde vêem uma aldeia diferente e mais pacífica do vale de Gimlick. Onde a surpresa dos duos são sebes gigantescas memorial da dupla e é o aniversário de 10 anos do dia em que a dupla salvou a aldeia de Fongiod. A dupla encontra-se com um Fongiod a quem pedem emprestado o navio memorial que Argos utilizou durante a batalha que aparentemente foi recuperado e reparado desde que caiu na barragem. A dupla regressa a Nefarious para o enfrentar novamente antes de ele poder chegar ao Relógio. São capazes de o derrotar a bordo do seu navio, mas Lawrence consegue escapar na cápsula de fuga enquanto o navio se desvia da rota em direcção à base de Nefarious. No momento em que o navio está prestes a embater, Azimute chega para resgatar Ratchet e Clank. Quando a dupla corre em direcção ao navio da Azimuth, o navio da Nefarious embate nele e destrói a base.
O grupo regressa ao Grande Relógio, onde Clank está pronto para retomar as suas funções. Contudo, Ratchet & Clank recusam ambos à Azimuth a oportunidade de usar a máquina para trazer de volta os Lombaxes. Azimute de repente arrebenta, furioso por Ratchet já não querer o que faz. A sua ambição transforma-se em corrupção e ele dispara a sua arma contra Ratchet, derrubando-o pela borda da plataforma e matando-o. Enquanto Clank consegue dar perseguição ao General, Sigmund tenta impedi-lo, mas Azimute domina-o, e depois Clank fecha-se na Câmara de Orvus para impedir Azimute de entrar. Recordando as palavras de O Canalizador que ele não arriscaria mais de 6 minutos, Clank inicia um deslocamento no tempo para voltar no tempo seis minutos, onde é capaz de empurrar Ratchet para fora do caminho da explosão de Azimute e alterar os acontecimentos. Ratchet e Azimuth correm então através de um trilho de moagem para entrar na Câmara de Orvus. A dupla chega demasiado tarde e Azimute activa o Relógio para recuar para tentar trazer os Lombaxes para casa. Ratchet luta então com Azimute com o destino de todo o universo na balança. À medida que ele e Ratchet lutam, o Relógio começa a desfazer-se à sua volta, incapaz de suportar a tensão de um turno tão maciço. Enquanto Ratchet grita com ele para parar o que fez, Azimute apercebe-se do seu erro. Ele diz a Ratchet para "cuidar de si próprio" e dá a sua própria vida para impedir que o Relógio se autodestrua, usando a sua chave inglesa para substituir a alavanca partida e rodá-la. No entanto, ao fazê-lo, é atingido por uma explosão de energia letal do Relógio partido e morre.
Depois do Zoni reparar a câmara, Ratchet dá um adeus a Clank, desejando-lhe felicidades enquanto se afasta. Clank, ao ouvir novamente as palavras gravadas de Orvus, percebe que não pode ficar porque não pode deixar Ratchet até encontrar a sua família, uma vez que as acções de Ratchet ajudaram a encontrar a casa de Clank. Clank promove Sigmund a Senior Caretaker e, como Orvus diz ao fundo que o seu filho pode fazer tudo o que o faz sentir-se inteiro ao voltar a juntar-se a Ratchet no momento em que está prestes a partir. Juntos, eles sobem para as estrelas para outra aventura.