Sly Spy

O enredo assemelha-se a alguns filmes e romances da série James Bond e tem lugar nos EUA num período de tempo não especificado, descrito no jogo como "199X". Durante a sequência de introdução, o presidente e a sua esposa acenam à multidão ao lado de uma limusina na Casa Branca em Washington D.C., quando terroristas (alguns voando usando jetpacks) se aproximam do presidente e da sua esposa armados e perigosos, e, assim que o ecrã fica vermelho e sons de armas são ouvidos, parecem disparar não só contra a multidão, mas também contra o presidente e a primeira dama, ambos presumivelmente mortos.

Mais tarde, um agente secreto que trabalha para os serviços secretos americanos, e conhecido apenas pelo nome de Sly, é informado de que os terroristas que atacaram na cerimónia presidencial foram localizados, identificados e confirmados como membros do CWD (Council for World Domination). A CWD é uma organização criminosa subterrânea secreta com fundações terroristas, envolvida no tráfico de drogas e armas e na corrupção governamental, e que por fim conspira uma conquista mundial. O Sly é designado pelos serviços secretos para eliminar a CWD.

Ao ouvir o apelo desesperado do mundo pela liberdade e na esperança de proteger aqueles que mais ama, Sly salta de um avião em direcção a Washington D.C., e inicia a sua campanha para impedir que os terroristas se infiltravam não só na cidade, mas também em vários pontos dos EUA, e deve também impedir que um míssil nuclear seja lançado e atinja a Terra.