Sonic the Hedgehog 3 & Knuckles

No final de Sonic the Hedgehog 2, o malvado Dr. Robotnik teve o seu Ovo da Morte retirado da órbita pelos heróis, Sonic the Hedgehog e o seu companheiro Miles "Tails" Prower. Afinal, não tendo sido completamente destruído, o Ovo da Morte caiu na Ilha Flutuante, levando-o para o oceano abaixo. Esta ilha tem propriedades especiais - entre as quais se destaca o seu poder epónimo de suspensão mágica. Quando o Dr. Robotnik detecta a presença de uma enorme Esmeralda do Caos dentro das profundezas da ilha, decide procurar mais uma vez as Esmeraldas do Caos para que o seu Ovo da Morte caído possa recuperar a órbita no espaço. Transformando mais uma vez a sua esmagadora derrota numa vantagem elegante, rapta Animais para se converter em Badniks e cria uma nova linha de armas.

Entretanto, Knuckles leva a sua habitual caminhada ao longo do altar Esmeralda para verificar se as Esmeraldas estão bem, de repente um enorme terramoto surgiu do nada, Knuckles viu as Esmeraldas a reverberar em pleno ar, atordoado, foi subitamente atirado para o ar antes de desmaiar. Quando acordou, as Esmeraldas do Caos tinham desaparecido, mas Knuckles também viu um enorme ovo ao longe, surpreendido, recordou então uma lenda de um dragão antigo enviado para destruir o mundo no fim dos tempos, pensando que este misterioso ovo era o dragão que ele partiu, e... Uma figura gigante em forma de ovo apareceu do nada, chamando-se "Dr. Eggman", explicou a Knuckles que tinha vindo aqui para estudar este ovo gigante, e que um ouriço malvado chamado Sonic estava a tentar não só interferir na sua pesquisa, mas também a roubar as Esmeraldas do Caos. Knuckles, enganado pelo médico, fugiu para encontrar este patife. Eggman sorriu para si próprio, satisfeito com a sua capacidade de mentir.

Imediatamente após o evento de Sonic 3, onde a arma orbital do Dr. Robotnik, o Ovo da Morte, é danificada numa batalha com Sonic e as terras do acidente de volta à Ilha Angel. Sonic viaja por cada zona procurando recuperar as Esmeraldas do Caos para derrotar Robotnik, e mais uma vez entra em conflito com Knuckles, que acredita que Sonic está a tentar roubar as Esmeraldas para si próprio. Na Zona do Palácio Escondido, Sonic luta e derrota Knuckles. Os dois ouvem um distúrbio fora da câmara, e saem à procura do Dr. Robotnik roubando a Esmeralda Mestre, o segredo dos poderes de levitação da ilha. Knuckles tenta atacar Robotnik, mas é electrocutado no processo, e fica preso com Sonic numa passagem subterrânea. Knuckles, percebendo que Sonic está do seu lado, mostra-lhe um portal que os conduz ao Santuário do Céu, onde o Ovo da Morte está a relançar. Sonic continua a infiltrar-se no Ovo da Morte, e derrota Robotnik como Super Sonic.

A história de Knuckles, que tem lugar após os acontecimentos da campanha de Sonic, começa em Mushroom Hill,[b] onde ele está a relaxar com os seus amigos animais mas é interrompido por uma bomba lançada por EggRobo. Isto leva Knuckles a persegui-lo, levando-o através de versões mais difíceis da maioria das mesmas zonas que Sonic atravessou. A perseguição termina nos restos danificados do Sky Sanctuary, onde um robô chamado Mecha Sonic ataca Knuckles mas destrói acidentalmente EggRobo em seu lugar. Após uma curta luta, Mecha Sonic usa o poder da Esmeralda Mestra para alcançar uma forma Super semelhante à de Sonic. Knuckles consegue derrotar o Super Mecha Sonic, que explode. Sonic voa ao pilotar o Biplano Tornado e Knuckles bate uma boleia para devolver o Mestre Esmeralda à Ilha Angel. Se todas as Esmeraldas do Caos forem recolhidas, a Ilha do Anjo ergue-se para cima, para o céu. No entanto, se o jogador não tiver recolhido todas as Esmeraldas do Caos, Knuckles não pode resgatar a Esmeralda Mestre, e a Ilha do Anjo despenca-se para o oceano.