Teenage Mutant Ninja Turtles Double Pack

TMNT 2003:
A jogabilidade principal adapta frouxamente os episódios da época seguinte um episódio: "Things Change", "A Better Mouse Trap", "Attack of the Mouser "s, "Meet Casey Jones", "Nano", "Darkness on the Edge of Town", "The Way of Invisibility", "Notes From the Underground" (Partes 1-3), e "Return to New York" (Partes 1-3), bem como um nível que não deriva de modo algum da série animada.

Pouco depois de um grupo de robôs mouser destruir a antiga casa das tartarugas, elas começam a procurar uma nova casa. Michelangelo acaba por enervar Raphael, fazendo com que Raphael saia para a superfície. À superfície, é confrontado por bandidos do Purple Dragon, Casey Jones, e Dragonface. Baxter Stockman logo usa ninjas invisíveis da tecnologia dos pés para capturar Rafael, e Donatello é forçado a resgatá-lo. Mais tarde, enquanto Raphael e Michelangelo se divertem, Donatello analisa um estranho cristal que encontrou na sua casa, observando que se parecem com células cerebrais mutantes. Raphael pontapeia Miguel Ângelo numa parede, revelando um grande túnel atrás dele. Os cristais de Donatello começam a brilhar e as tartarugas decidem investigar. Elas seguem o túnel e são confrontadas por humanos geneticamente mutantes. Depois de algumas confrontações com estes mutantes, as tartarugas descobrem que estes mutantes foram transformados no seu estado actual por experiências passadas dos cientistas de Shredder. Os cristais que Donatello encontrou são a única coisa que mantém estes mutantes vivos, e não podem sair da sua casa subterrânea como resultado disso. Eles pedem às tartarugas que derrotem Shredder, para que os humanos não sofram mais como sofreram. As tartarugas decidem derrotar Shredder de uma vez por todas, e prometem aos mutantes que voltarão por eles se alguma vez encontrarem uma forma de inverter a sua condição.

TMNT 2: Battle Nexux:
O jogo começa com uma batalha com o Clã Foot e Hun no arranha-céus de Oroku Saki. O Foot é derrotado, e o Mestre Splinter desaparece misteriosamente. As Tartarugas perseguem o rasto até um edifício marcado "T.C.R.I.", o que prova esconder um segredo bizarro sob o seu exterior inócuo: os seus empregados são membros de uma raça extraterrestre parecida com o cérebro, os Utroms. Enquanto lutam contra estes estranhos novos inimigos, as Tartarugas são acidentalmente teleportadas para diferentes pontos da galáxia, encontrando-se com o Professor Fugitoide Honeycutt em D'Hoonib, e acabam como fogo cruzado na guerra entre os Triceratons e a Federação - ambos os lados estão atrás do Fugitoide pela sua tecnologia. Pelo caminho, deparam-se com um caçador de recompensas intergaláctico chamado Slashuur. Dito ser o caçador de recompensas mais poderoso do universo, Honeycutt ouviu lendas sobre ele quando era uma criança. Ironicamente, Honeycutt é quem Slashuur procura, tendo sido contratado pelos Triceratons para o capturar. Depois das Tartarugas o terem vencido, Slashuur revela que tem conhecimento de Hamato Yoshi antes de se despedir dele. Antes de escapar ao mundo natal de Triceraton, as Tartarugas fizeram amizade e libertaram um nobre guerreiro Triceraton que tinha sido forçado a lutar como gladiador, Traximus.

Ao regressar à Terra e ao edifício T.C.R.I., é revelado que os Utroms tinham resgatado um Splinter ferido e estavam a cuidar dele. Os Utroms colocam o TMNT e o Splinter numa máquina de realidade virtual para melhor lhes explicar as suas origens. Há centenas de anos atrás, os Utroms viajavam pela galáxia, transportando um velhaco assassino da sua espécie, Ch'rell. A sua nave despenhou-se na Terra, no país do Japão. Os Ch'rell fogem, enquanto os Utroms são forçados a esperar que a tecnologia da Terra os apanhe, para poderem regressar a casa. Algum tempo depois, após os Utroms terem recorrido à ajuda de alguns humanos como Ninja Guardião, os Utroms são emboscados por um senhor da guerra fortemente armado conhecido como The Shredder. Entretanto, no mundo real, Baxter Stockman sabota a máquina da realidade virtual, e os perigos dentro dela tornam-se apresentados como reais às Tartarugas e ao Splinter. Depois de derrotar Shredder e o seu Ninja Feudal Foot, a Tartaruga encontra-se com o Utrom Mortu, que lhes dá um dispositivo que lhes permite regressar ao mundo real. Infelizmente, quando lá chegam, encontram o Shredder e o Pé a atacar o edifício T.C.R.I. Durante a sua luta, é plantado um dispositivo de destruição orgânica, e o Utrom escapa através do seu Transmat. As Tartarugas derrotam Shredder antes que ele possa persegui-las, e revela-se que este Shredder não só é o mesmo que viram no Japão Feudal, mas também é o malvado Utrom Ch'rell! As Tartarugas escapam do edifício antes do dispositivo explodir, mas Ch'rell não tem tanta sorte.