Xenosaga Episode II: Jenseits von Gut und Böse

A história tem lugar milhares de anos no futuro, quando a humanidade deixou há muito a Terra, que agora se chama Jerusalém Perdida, e fundou um império estelar. A principal ameaça que a humanidade tem de enfrentar é o aparecimento de uma raça extraterrestre super-poderosa chamada a Gnose. A história retoma logo após os acontecimentos conclusivos do primeiro episódio. Shion Uzuki, a jovem engenheira que concebeu o poderoso andróide KOS-MOS, chega com os seus amigos ao planeta Segunda Miltia. O seu objectivo é saber mais sobre a herança do falecido génio cientista Joachim Mizrahi, e desvendar os esquemas dos misteriosos antagonistas Albedo e Margulis. Jin Uzuki, irmão de Shion, que só foi mencionado no primeiro capítulo, torna-se uma personagem importante e controlável no segundo episódio. Muito do conteúdo da trama é dedicado à exploração do passado e das origens de Jr., bem como da sua ligação com Albedo.