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Das Spiel findet im Jahr 2037 statt.

Die Geschichte beginnt am 6. Februar 2036, als ein Computerunfall, bei dem die Computer verrückt spielen, viele große Städte auf der ganzen Welt zerstört. Die massive Katastrophe wird als "2036 Problem" bezeichnet, aber es gibt eine Vorhersage, dass es im Jahr 2038 einen ähnlichen Vorfall geben wird. Eine Gruppe von Wissenschaftlern nutzt den Gaia-Supercomputer, um einen "Erdsimulator" zu entwickeln, um dies zu verhindern, scheitert aber, weil das menschliche Geburtenpotenzial drastisch gesunken ist.

Dann geben die Wissenschaftler die Formel der "Arecibo-Botschaft" in den Erdsimulator ein und bringen die Menschheit erfolgreich in eine andere Welt. Zunächst sind sie begeistert, bis sie feststellen, dass die Menschen im Erdsimulator selbst einen anderen Erdsimulator geschaffen haben. Die Wissenschaftler beginnen zu vermuten, dass sie in Wirklichkeit nur das Produkt eines Erdsimulators von Wesen sind, deren Position über ihnen liegt.

Im Mittelpunkt der Geschichte steht Takaoka Pollon, ein Hacker, der die Fähigkeit hat, wie in einem Videospiel zu "speichern und zu laden". Mit seinem Hacking Trigger System kann er in das Weltgeschehen um ihn herum eingreifen.