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Das Gameplay von The Second Story ähnelt im Großen und Ganzen dem der meisten RPGs. Der Spieler reist von Stadt zu Stadt und von Dungeon zu Dungeon, folgt der Hauptgeschichte und zweigt gelegentlich ab, um Nebenquests zu erledigen. Die Charaktere erhalten durch Kämpfe Erfahrungspunkte und steigen dadurch auf, so dass sie mit der Zeit und der Anzahl der Kämpfe immer stärker werden.

Die Kämpfe sind sehr viel aktionsorientierter: Sie finden in Echtzeit statt, und der Spieler hat dabei die manuelle Kontrolle über seinen Charakter, anstatt Optionen aus einem Menü auszuwählen. Die Kämpfe finden auf einem weitläufigen Schlachtfeld statt, auf dem sich der Spielercharakter unbegrenzt bewegen kann, so dass er dem Feind von Angesicht zu Angesicht gegenübertreten oder ihn für einen Flankenangriff umkreisen kann. Die anderen Gruppenmitglieder (bis zu 3) werden von der KI des Spiels gesteuert; der Spieler kann die Strategie eines Verbündeten auf eine von sechs verschiedenen vorgegebenen Optionen ändern (von "Ausschwärmen und angreifen" über "Sparen Sie Ihre Magiepunkte" bis hin zu "Stehen Sie still und tun Sie nichts").