StarCraft 64 - Videos

Das Spiel selbst ist in drei Episoden unterteilt, in denen der Spieler jeweils eine Rasse befehligen kann. Im ersten Abschnitt des Spiels versuchen der Spieler und Jim Raynor, die Kolonie Mar Sara nach den Angriffen der Zerg auf andere terranische Welten zu kontrollieren.
In der zweiten Kampagne stellt sich heraus, dass Kerrigan nicht von den Zerg getötet wurde, sondern gefangen genommen und verseucht wurde, um ihre psionischen Eigenschaften in den Genpool der Zerg einzubringen.
In der letzten Episode des Spiels wird Tassadar von Aldaris und der Protoss-Regierung als Verräter und Ketzer gebrandmarkt, weil er sich mit den Dunklen Templern verschworen hat. Der Spieler dient zunächst Aldaris bei der Verteidigung von Aiur gegen die Invasion der Zerg, schließt sich aber bei einer Mission zur Verhaftung von Tassadar stattdessen diesem an.