Aquanaut's Holiday: Hidden Memories - Vídeo

El modo de historia real del juego puede compararse con el de una aventura. El personaje principal, sin nombre, es un periodista que busca al oceanógrafo desaparecido William "Bill" Graber. Utilizando un submarino llamado Delfín nº 2, explora los mares en busca de pistas.

El juego se desarrolla en el atolón de Kisira, en la Polinesia. Un centro de investigación oceanográfica llamado Base de Kisira es el punto de partida y al que siempre se regresa, para obtener suministros (como baterías para las boyas de navegación del sonar) y equipo.

En la base trabajan dos científicos, la joven y soñadora Jessica Porter y el conservador jefe Robert Kemelman. Ambos le ayudan a resolver los misterios, cada uno a su manera. A Jessica le gusta creer en cuentos y leyendas, mientras que Robert suele dar una explicación científica.

Todos los peces, animales y otros descubrimientos se añaden a una base de datos. Algunos peces pueden comunicarse y el jugador tiene que repetir los sonidos emitidos por un pez, utilizando los cuatro botones de disparo del mando Sixaxis.

En todo momento, la zona desbloqueada del mapa es libre para explorarla como se quiera.