Cave Story - Vídeo

El personaje del jugador se despierta en una cueva sin recordar cómo llegó allí. Se encuentra con un pueblo de Mimigas, que están siendo perseguidos por el Doctor. Los sirvientes del Doctor, Misery y Balrog, buscan a Sue Sakamoto, una chica que se ha transformado en Mimiga. Al no encontrarla, secuestran por error a otra Mimiga llamada Toroko. El jugador encuentra a Sue en el Corredor de los Huevos, donde descubre los huevos de un Dragón del Cielo, que podrían permitirle escapar de la isla flotante si los incuba. Sue intenta rescatar a su hermano Kazuma, pero King, el líder de la Aldea Mimiga, la captura y la hace responsable del secuestro de Toroko. Sue encarga al jugador que recupere a Kazuma de Grasstown. Tras liberarlo, se encuentran con el profesor Booster, que les revela que el Doctor planea utilizar las flores rojas de Mimigas para crear un ejército que se apodere del mundo de la superficie. Booster envía al jugador a la Zona de Arena para destruir las flores rojas antes de que el Doctor pueda encontrarlas. Mientras está allí, el jugador conoce a Curly Brace, un robot femenino que tampoco tiene recuerdos de su pasado, y a Jenka, una vieja bruja que es la madre de Misery y guardiana de las flores rojas. Jenka llama al personaje del jugador "soldado de la superficie", uno de los muchos que fueron enviados a la isla para masacrar a los Mimigas.

Misery transporta al jugador al Laberinto en las profundidades de la isla como castigo por interferir en los planes del Doctor. Curly Brace también ha sido arrojado al Laberinto y cooperan para escapar. Balrog les ayuda a mover la roca que bloquea la salida, revelando su naturaleza bondadosa. La pareja encuentra y derrota al Núcleo, una criatura mágica cuyo poder mantiene la isla a flote. Sin embargo, el Doctor interviene para salvarla antes de que la isla se derrumbe. Dependiendo de ciertas condiciones, el jugador puede rescatar a Curly Brace, que había sacrificado su tanque de aire para salvar al personaje del jugador. Cuando regresa a la Aldea Mimiga, descubre que el Doctor ha capturado a los Mimigas. En el Corredor de los Huevos, Kazuma ofrece al jugador la opción de escapar de la isla con él utilizando un Dragón del Cielo, lo que lleva a un final alternativo en el que el Doctor conquista el mundo de la superficie mientras Kazuma y el jugador se esconden en las montañas. El jugador puede optar por enfrentarse al Doctor y destruir el núcleo de la isla, lo que devolvería a los Mimigas a la normalidad. El jugador escala la pared exterior de la isla para llegar a la Plantación donde el Doctor está utilizando a los Mimigas como trabajadores esclavos para cultivar flores rojas. Los sirvientes del Doctor lo capturan y lo meten en una celda con Sue. Se la llevan antes de que el jugador despierte, pero su carta revela que el Doctor era miembro de la expedición de investigación que incluía a la familia de Sue y al Profesor Booster, pero que los traicionó una vez que encontró la Corona del Demonio. Sue indica al jugador que busque a su madre, que puede tener un plan para detener al Doctor.

Si el jugador salvó a Curly Brace anteriormente, el jugador puede encontrar un objeto para restaurar sus recuerdos. Ella recuerda que el personaje del jugador se llama Quote, y que no eran los robots asesinos que masacraron a Mimigas en el pasado. En cambio, fueron enviados a destruir la Corona del Demonio para evitar que su poder cayera en manos equivocadas. Quote encuentra a la madre de Sue, Momorin, que está construyendo un cohete que permitirá acceder a la cima de la isla donde reside el Doctor. Tras ayudarla a completar el cohete, Cita se enfrenta a Misery y al Doctor. El Doctor ha purificado la esencia de las flores rojas en un cristal, que le permite sobrevivir incluso después de que Quote destruya su cuerpo. El espíritu del Doctor posee el núcleo de la isla, pero Quote consigue destruirlo también, haciendo que la isla comience a caer a la Tierra. Bajo ciertas condiciones, el jugador puede pasar a una fase de bonificación llamada el Santuario Manchado de Sangre, donde el creador de la Corona del Demonio, Ballos, está encarcelado. Ballos, hermano de Jenka, era un poderoso mago que se volvió loco tras ser torturado. La miseria obligó a Ballos a crear la Corona del Demonio, pero ella y Balrog quedaron malditos para servir a quien la poseyera. Con la ayuda de Curly Brace, Quote derrota a Ballos y detiene la fuente de energía negativa que estaba provocando la caída de la isla, salvando a sus habitantes. Balrog salva a los dos antes de que sean aplastados por la prisión de Ballos que se está derrumbando, que había sido enviada por Misery como agradecimiento por romper su maldición. Cita, Curly Brace y Balrog abandonan la isla para vivir sus días en paz.