Fullmetal Alchemist: Stray Rondo

El juego comienza con los dos chicos [Edward y Alphonse Elric] realizando una Transmutación Humana para revivir a su madre muerta que resulta en un fracaso y salta a su misión que involucra al falso profeta Cornello para encontrar la legendaria Piedra Filosofal para enmendar las cosas que perdieron en la fallida Transmutación Humana [el cuerpo de Alphonse y las extremidades de Edward]. Consiguen demostrar que es un estafador, pero descubren que la Piedra Filosofal es falsa. Los hermanos regresan a la Central para informar de ello cuando el tren es secuestrado por el grupo de Calvo que amenaza con un rehén. Los hermanos Elric rescatan a la rehén que se revela como Corniche Royce y descubren que el jefe no era más que una imitación de Calvo. Los Elrics se enteran de que la chica posee la habilidad de usar la alquimia curativa y se dirige a la Central para el examen estatal de alquimia. Corniche decide acompañar a los Elrics ya que no ha viajado antes. El tren es atacado por una quimera y se detiene en un pueblo llamado Viva. El trío rescata el pueblo que está plagado de Quimeras pero no logra encontrar al culpable. Continúan su viaje hacia la Central.

Después de llegar a la Central, Corniche se dirige al Cuartel General Militar para su examen pero se da cuenta de que ha olvidado su ensayo. Mientras insiste en su participación, aparece el rey Bradley y pone una condición para su certificación: vencer al mayor Alex Louis Armstrong. Corniche fracasa y Edward es convocado por el Rey Bradley para la misión de exterminio de Quimera en Ciudad del Este. Edward también recibe un permiso para formar un "Escuadrón Especial". Después de mucha insistencia por parte de Al y Hughes Edward acepta reclutar al Mayor Armstrong y al Coronel Roy Mustang en el escuadrón especial aunque desprecia la idea de trabajar con los dos. El grupo saca al Mayor Armstrong de la Central y se dirige a la Ciudad del Este donde el Coronel tiene asignada una misión que ejecutar, pero en su camino el tren es secuestrado de nuevo por el grupo de Calvo real que amenaza con la vida de todos los pasajeros. El grupo derrota a los culpables y llega a la Ciudad del Este y viaja directamente hacia la oficina del Coronel.

El Coronel Mustang se niega a unirse y se va a vigilar, lo que hace que Edward esté más decidido a reclutarlo. El grupo persigue a Mustang y lo desafía con una pelea para decidir su alistamiento. Después de ser derrotado el Coronel se ve obligado a unirse y la Teniente Riza Hawkeye se ofrece como voluntaria para ayudar a la seguridad del Coronel. El Teniente Coronel Alquimista del Estado Aston Martins también conocido como El Alquimista del Trueno se alista ante la insistencia de Mustang. Mustang deja su papeleo sobre el caso de East City Chimera a Havoc y se dirige hacia Redendo junto con el resto del grupo.

El grupo resuelve el caso de robo en Redendo, pero llega con las manos vacías a su verdadera misión. De vuelta a la sede militar del Este, el grupo se entera de un caso de dos personas descritas como uno de baja estatura y otro con armadura que causan disturbios en un pueblo llamado Solin. Con la esperanza de que esto conduzca a algún tipo de pista en el caso de la Quimera y dudando de la identidad de los autores, el grupo viaja a Solin. Allí, el grupo se entera de que las personas que están causando problemas se parecen a los hermanos Elric y, de hecho, también se llaman a sí mismos Elrics. Enfurecidos por el hecho de que su nombre sea deshonrado de nuevo por impostores, los Elrics deciden atrapar a los charlatanes. Una vez que capturan y derrotan a los impostores, el grupo se entera de que no son más que maniquíes creados por alquimistas y que la alquimista no es otra que una joven de 16 años que revela llamarse Cate Rham. Cate hace un breve encuentro con el partido y luego huye diciendo que volverán a hacerlo algún día. Con los falsos revelados y todavía sin pistas sobre el caso de la Quimera, el grupo regresa al Cuartel General del Este de nuevo.

Una vez en el Cuartel General del Este, el grupo se entera de la existencia de un excéntrico alquimista que vive en una mansión y que se supone que posee habilidades en la alquimia corporal. Sospechando, el grupo se dirige a la mansión del ermitaño y se entera de que el extraño hombre está efectivamente involucrado en el caso de Quimera, pero antes de que puedan arrestarlo, son atacados por una Quimera y el sospechoso huye. El coronel se pone en contacto con el cuartel general y se entera de que el hombre se llama Dalt Daimler y que se dirige hacia la ciudad natal de Edward y Alphonse, Resembool.

El grupo no encuentra a Dalt en Resembool pero Ed consigue su mantenimiento. El grupo se dirige a las ruinas cerca de Resembool donde Dalt puede estar. Mientras persiguen a Dalt el grupo se encuentra con dos de los Homúnculos: Lujuria y Gula a los que derrotan. Después de derrotar a los Homúnculos Edward menciona su sospecha a Alphonse sobre la presencia de la Piedra Filosofal en las ruinas ya que los homúnculos estaban por allí. Sin embargo, los hermanos acuerdan mantener esta teoría en secreto. El grupo encuentra el cadáver de Dalt al que le falta la bolsa que llevaba. El grupo sigue adelante para encontrar al asesino que resulta ser Randy, el ladrón de Redondo. El grupo derrota a Randy y comienza a interrogarle sobre la situación que le rodea antes de que Cate intervenga junto con un alquimista enmascarado llamado Lincor al que el Coronel Martin parece conocer como Licor toma la bolsa de Dalt de Randy y utiliza un tremendo poder para desatar un poderoso ataque sobre el grupo y ganar suficiente tiempo para escapar con su grupo. Ed conjetura que Licor estaba usando una piedra filosofal en la bolsa de Dalt para ejercer tal poder.

Mientras tanto, Mustang y Martin discuten sobre el extraño parecido de la presencia de Linor con la del Coronel Alquimista del Estado, Seraphy Royce. Mustang le cuenta a Ed la historia de Seraphy Royce, quien fue un Alquimista de Estado sanador [El Alquimista Afinador] cuya calificación estuvo a punto de ser quitada antes de ser reportado muerto en la Guerra de Ishval. El trío sospecha si él fue el responsable del reciente brote de Quimera y si Corniche Royce es realmente la hermana de Lincor.

El grupo recibe información sobre el escondite de Licors en las alcantarillas de Ciudad del Este y se dirige allí. Aunque no encuentran a Lincor, el grupo se encuentra de nuevo con los socios de Lincor, Cate y Randy, y con un hombre con una cicatriz en la frente que afirma vagamente que transmite el juicio del dios. El Coronel Martin es reacio a luchar contra su "viejo amigo", por lo que sugiere al grupo que se retire, ya que es poco probable que encuentren a Lincor.

Cuando el grupo se dirige hacia el cuartel general, se entera del asalto de Quimera al cuartel general por parte de Hughes. El grupo extermina a las Quimeras de la base principalmente para asegurar la agenda de Mustang en su oficina. Mientras que todavía en la oficina de Mustang, el partido discute aún más el caso de Lincor donde Corniche se entera de su posible relevancia para Lincor. Ed la anima a creer en su hermano y Corniche acepta hacerlo. Después de que el grupo rescata el cuartel general, Mustang se ve envuelto en el papeleo de la restauración con Riza a su lado. Otros miembros de la milicia también se comprometen dejando que Ed, Al, Corniche y el Coronel Martin (como su guardaespaldas) tengan un descanso. El grupo decide pasar la noche en la posada. Esa noche Martin le pregunta a Edward su razón para ser el Perro de los Militares. Edward le explica sobre su fallida transmutación humana y su determinación de devolverle el cuerpo a su hermano menor. Corniche les dice a los hermanos que cree que tendrán éxito en la consecución de sus objetivos y luego el grupo tiene una cena.

Al día siguiente, el grupo decide volver al cuartel general, ya que podría haber nueva información sobre el caso de Lincor. Todo el grupo se reúne de nuevo y se dirige a un castillo en el sureste donde se han reportado los avistamientos de Lincor. El grupo se encuentra con Lust, Randy y Cate, a quienes derrotan por separado. De camino al encuentro con Lincor, Mustang menciona su sospecha sobre Martin, que rechaza abiertamente la acusación. El grupo finalmente alcanza a Lincor. Ed provoca a Lincor para que revele la Piedra Filosofal en la bolsa, pero Lincor abre la bolsa y libera una Quimera final gigante en su lugar. La quimera se regenera constantemente y, sin otra opción, Martin sacrifica su propia vida para defender a su grupo.

Con un querido amigo sacrificado, Ed se agita y cuestiona los motivos de Lincor para herir a su propio amigo y hermana a lo que Lincor responde diciendo que algo valioso es un precio necesario para proteger algo y Martin fue tonto al no entender eso. Ed ataca a Lincor que deja caer un medallón que contiene su foto y la de Corniche. Corniche cuestiona a Lincor si realmente es su hermano quien tendría las palabras "Alquimista, sé tú para el pueblo" pero Linor se niega rotundamente de tener algún recuerdo de ella y ataca violentamente al grupo. El partido derrota a Lincor pero éste se niega a rendirse. Ed resume todos los acontecimientos y concluye que el poder que posee Lincor no es por el uso de la Piedra Filosofal sino por el intercambio de sus preciados recuerdos con su hermana.

Licor hace un último intento de aniquilar al grupo fusionándose con todo el castillo. Corniche, recordando las palabras de Martins de mantenerse fuerte para ser Alquimista del Estado, cura a todo el grupo, que vuelve a salir victorioso. Lincor recuerda los recuerdos que le quedan de su madre y al sentir que lo cambió todo por el bienestar de la gente muere cómodamente. El grupo vuelve a dirigirse al cuartel general.
De vuelta al cuartel general, el grupo se recupera de la muerte de su antiguo amigo y a Corniche se le permite por fin volver a hacer el examen de alquimia estatal. Corniche aprueba el examen y se gana el título de "Alquimista de la Afinación" de su hermano. Ella lo acepta de buen grado y decide que va a recompensar los errores de su hermano. La historia llega a su fin con Corniche separándose de los hermanos Elric para ir a su ciudad natal y todos los demás volviendo a sus vidas normales.