Jak 3 - Vídeo

El juego comienza con Jak y Daxter siendo desterrados al Páramo por el tiránico Conde Veger por supuestos crímenes contra Haven City. Ashelin, que se opone al destierro, le da a Jak una baliza antes de marcharse y le dice que "siga vivo". Mientras viajan por el desierto, los flashbacks revelan que Haven City está en guerra entre la Liga de la Libertad y los Metal Heads supervivientes y sus aliados, los KG Death Bots. El Palacio es entonces destruido por una fuerza desconocida. Cuando Jak, Daxter y Pecker pierden el conocimiento, son rescatados por un grupo de habitantes del desierto, que los llevan de vuelta a Spargus City.

Al despertar en Spargus, el rey, Damas, dice que Jak debe ganarse su lugar en la civilización demostrando su valía como guerrero en los desafíos de la Arena y sirviendo a la ciudad, a la que su "vida pertenece ahora" por haber sido rescatado. Sus misiones consisten en recuperar artefactos después de las tormentas de arena, correr para conseguir mejoras tanto en buggies como en lagartos Leaper, cristales Eco y buggies, atrapar ratas Kanga sobre un lagarto Leaper, y varios otros trabajos extraños en la ciudad oasis. Lo más importante de estos acontecimientos es que Jak recibe habilidades Eco de luz para equilibrar la oscuridad interior, concedidas a él en el templo de los Precursores por un oráculo que cree que Jak es la última esperanza para la civilización. Estos poderes incluyen habilidades de ralentización del tiempo, poderes curativos, habilidades de escudo e incluso de vuelo. Por el camino, Jak entabla amistad con el monje precursor Seem y con el propietario de un garaje de buggies, Kliever, que al principio le tienen antipatía hasta que se gana su confianza con el tiempo. Durante una de las misiones de Damas en el desierto, Jak es encontrado por Ashelin, quien le revela que sabía que Damas lo encontraría ya que sabía que él revisaría sus viejas balizas. Ella se niega a decirle cómo conoce a Damas y luego le ruega a Jak que regrese a Ciudad Refugio para defenderla de los Cabezas de Metal y los nuevos Deathbots de la Guardia Krimzon. Todavía amargado por haber sido exiliado, se niega a volver. Ashelin le abandona, pero más tarde, tras descubrir lo que el malvado Conde Veger tiene preparado para sus amigos, Jak cambia de opinión y realiza el viaje en transporte a Haven City. Jak y Daxter ayudan a reunir a la resistencia en Haven, que está dividida debido a las barreras puestas por los enemigos, y les dan la esperanza de poder vencer a los Metal Heads y los Deathbots.