Mega Man 9

Es el año 20XX. Desde la última derrota del Dr. Wily, el Bombardero Azul ha visto regresar la paz.

Justo cuando la gente se olvidó del Dr. Wily, los robots de todo el mundo empezaron a volverse locos. Pronto se hizo evidente que estos robots eran los creados por el Dr. Light. Mientras las llamadas telefónicas llegaban al laboratorio de Light, el Dr. Wily interrumpió todos los programas de televisión para anunciar que estos disturbios robóticos no eran obra suya. A continuación, siguió mostrando pruebas de vídeo que demostraban la implicación del Dr. Light en los recientes brotes violentos. Para empeorar las cosas, Wily dio el número de su cuenta bancaria personal y anunció que aceptaría donaciones para construir su propio ejército de robots para contrarrestar el de Light. Mega Man se ofreció rápidamente para limpiar el nombre de Light y fue enviado a investigar el origen del problema.

Al poco tiempo, la policía acudió a los Laboratorios Light para arrestar al buen doctor, pero Light se presentó tranquilamente para demostrar su inocencia. Mientras tanto, Mega Man fue en busca de los Robot Masters y, tras derrotar a unos cuantos, descubrió que estaban programados para ser dados de baja y enviados al depósito de chatarra porque habían alcanzado la fecha de caducidad que les había asignado el gobierno. Una vez derribado el último Robot Master, Mega Man se llevó una de las unidades de memoria interna del robot a Auto para investigarla. Resultó que el Dr. Wily había reprogramado los robots, cuya demolición estaba prevista, para que se alzaran contra sus amos humanos en lugar de ser destruidos. Todo lo que los robots querían era tener un propósito, y desde luego no querían ser enviados al montón de chatarra.

Después de ver el vídeo, el Dr. Wily irrumpió en su laboratorio y robó el circuito de memoria, para luego retirarse a su recién construido Castillo de Wily. Mega Man se abrió paso a través de la fortaleza, luchando contra poderosos robots construidos con el dinero que Wily recibió de las donaciones de los afectados por las revueltas de los robots. Al final, Mega Man derrotó a Wily una vez más, y le mostró imágenes de todas las derrotas que le había propinado a Wily. Aunque Wily parecía contrito y arrepentido, engañó a Mega Man haciéndole creer que el Dr. Light estaba, de hecho, encarcelado en una celda de la habitación de al lado. Aunque Proto Man le advirtió de que se trataba de una trampa, Mega Man fue a investigar la celda y fue electrocutado por el señuelo del Dr. Light que se encontraba en ella. Mientras el laboratorio de Wily se autodestruía, Proto Man regresó y teletransportó a Mega Man fuera del laboratorio justo a tiempo.

Al final, Light fue liberado de la prisión. A continuación, encontró un propósito útil para todos los Robot Masters que había diseñado, que habían llegado a su fecha de caducidad.

Aunque en el final se afirma que el Dr. Wily no apareció por ninguna parte tras la destrucción de su base, los créditos muestran al Hombre de Hormigón persiguiéndolo.