Nier: Automata - The End of Yorha Edition - Vídeo

La primera y la segunda parte del juego siguen los puntos de vista respectivos de 2B y 9S durante una invasión inicial. Después de abrir una ruta para futuras misiones, son enviados a eliminar las amenazas de las máquinas para la Resistencia, liderada por Anemone, que proporciona a los dos apoyo. Durante sus misiones, 2B y 9S descubren que las máquinas están explorando sociedades y conceptos humanos. Los dos trabajan con un grupo pacifista de máquinas liderado por Pascal; luchan contra Adam y Eve, manifestaciones físicas de la red de máquinas que revelan que sus creadores fueron destruidos hace siglos y se encuentran con A2, un androide rebelde que huye de YoRHa. Adam es asesinado por 2B tras capturar a 9S. Durante su recuperación, 9S descubre un fallo en los servidores de YoRHa al sincronizarse con 2B, y se entera de que la humanidad se extinguió mucho antes de la invasión alienígena. Su último vestigio es un servidor en la Luna que contiene los restos incompletos del genoma de la humanidad. YoRHa perpetúa el mito de su supervivencia para mantener la moral y dar a los androides un "dios" por el que luchar. Con la muerte de Adán, Eva enloquece de dolor y lleva a las máquinas bajo su mando a un frenesí. 2B y 9S matan a Eve para poner fin al desenfreno, pero 9S se infecta con el virus lógico de Eve, lo que obliga a 2B a matarlo. Sin embargo, la conciencia de 9S sobrevive dentro de la red local de máquinas.

La tercera partida comienza cuando YoRHa lanza una invasión a gran escala. Un ataque de virus lógicos, provocado por el "fallo" que 9S descubrió previamente, corrompe a todas las unidades de YoRHa, incluidas las del búnker, excepto a 2B y al restaurado 9S. 2B y 9S se separan en las secuelas, y 2B se infecta con el virus de la lógica. Descubierta por A2, 2B carga sus recuerdos en su espada y le pide que cuide de 9S. Una ignorante 9S es testigo de cómo A2 mata piadosamente a 2B y jura vengarse de ella. Simultáneamente, una torre creada por las máquinas se levanta de la tierra, separando a las dos antes de que puedan luchar. La perspectiva se divide entre A2 y 9S quince días después de estos acontecimientos. A2 -sobreviviente de una prueba de YoRHa- se siente identificada con las máquinas; es testigo de la destrucción del pueblo de Pascal y de cómo sus "niños" se suicidan por miedo al ser atacados. Pascal suplica a A2 que le borre la memoria o le mate; A2 puede realizar cualquiera de las dos tareas o abandonarle. Un 9S cada vez más desequilibrado investiga las plataformas de recolección de recursos de la torre, luchando contra los restos de las máquinas y aprendiendo que la torre está diseñada para lanzar un misil al servidor de la Luna. Ambos acaban entrando en la torre, y Devola y Popola se sacrifican para abrirla.