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El juego se abre con un prólogo durante el verano de 2049 en una tormenta de nieve. En una moderna tienda de comestibles en mal estado, Nier (Jamieson Price) se defiende de los ataques de monstruos etéreos para proteger a su joven hija enferma, Yonah (Heather Hogan). Después de derrotar a los monstruos, comprueba cómo está Yonah, que ha empezado a toser gravemente. El juego pasa a 1.312 años después, donde el jugador ve lo que parecen ser los mismos dos personajes, que ahora viven en un pueblo construido sobre las ruinas de una antigua ciudad. El pueblo de baja tecnología es uno de varios, y está rodeado de ruinas más modernas, como restos de vías de tren y maquinaria industrial. Las zonas entre los pueblos están llenas de monstruos conocidos como Sombras que atacan a los viajeros.
Como la enfermedad de Yonah, el Garabato Negro, es terminal, Nier se dispone a buscar una cura. Mientras lo hace, Nier encuentra un libro parlante, el Grimorio Weiss (Liam O'Brien), que sugiere que ambos formen un equipo para utilizar la magia de Weiss y encontrar una cura para la enfermedad de Yonah. En su búsqueda, se encuentran con Kainé (Laura Bailey), una espadachina malhumorada y malhablada; y con Emil (Julie Ann Taylor), un niño con los ojos vendados que petrifica a cualquiera que vea. Después de viajar durante un tiempo, el pueblo es atacado por una sombra gigante; la batalla culmina con Yonah siendo llevada por un maestro de la sombra que aparece de repente -el Shadowlord- que lleva su propio libro, Grimoire Noir.
A continuación, el juego salta cinco años hacia adelante. Nier y los demás intentan encontrar las piezas de una llave que creen que les ayudará a localizar al Señor de las Sombras y al Grimoire Noir. Tras derrotar a cinco Sombras y reunir la llave, el equipo va a derrotar al Señor de las Sombras. Allí, Devola y Popola (ambas con la voz de Eden Riegel), personajes que han estado guiando a Nier en su búsqueda, aparecen para intentar detenerlos. Les explican que más de 1300 años antes, la humanidad se enfrentó a la extinción debido a una enfermedad incurable. En un intento de sobrevivir, separaron sus almas de sus cuerpos utilizando el Grimoire Noir y Weiss. Crearon clones resistentes a la enfermedad, los Replicantes, y pretendían recombinar las almas, o Gestalts, con los cuerpos de los Replicantes una vez que se hubieran extinguido; Devola y Popola eran androides encargados de supervisar el proyecto. Con el tiempo, los Replicantes habían empezado a formar sus propias identidades, mientras que los Gestalts, o Sombras, se habían vuelto agresivos con ellos[7].
Nier derrota a la pareja, y Emil se sacrifica para asegurar el progreso de sus amigos. El grupo restante derrota entonces al Shadowlord, y el jugador descubre que es la forma Gestalt del Nier del prólogo. Impulsado a proteger a su Yonah, fue la primera Gestalt y la ha combinado con la Yonah replicante. Sin embargo, la Yonah original le dice al Nier Gestalt que puede oír a la nueva Yonah dentro de ella, y que ama a la Nier Replicante y se merece el cuerpo igualmente[8].
Si el jugador vuelve a jugar el juego, empieza justo después del salto de cinco años. El jugador aprende sobre el pasado de Kainé, incluyendo que es intersexual, lo que junto con la muerte de sus padres provocó su ostracismo de niña, y que está parcialmente poseída por una Sombra. El jugador adquiere la capacidad de entender lo que dicen las sombras, incluida la que posee a Kainé, aunque en el juego Nier, Weiss y Emil siguen sin poder hacerlo. También se muestran escenas adicionales, en las que se explican las motivaciones y el trasfondo de los jefes de las sombras contra los que se lucha y se les muestra como personas sensibles que intentan defender a sus amigos de Nier. El final de la segunda partida muestra que Emil sobrevive a su sacrificio y que la Gestalt Nier y Yonah se reúnen en el más allá. En la tercera partida, el jugador puede elegir entre salvar a Kainé, que se ve agonizando; Nier puede matarla para acabar con su sufrimiento o sacrificar su vida por ella. Esta última opción no sólo borra todo el recuerdo de él de las mentes de los demás personajes, lo que se muestra en una escena final, sino que también borra todo el progreso guardado del jugador, como si nunca hubiera jugado. Además, si el jugador quiere empezar una nueva partida, no podrá introducir el mismo nombre elegido en la anterior para el personaje de Nier.