Pokémon Emerald Version - Vídeo

Tanto el Equipo Magma como el Equipo Aqua aparecen como equipos villanos, cada uno de los cuales provoca problemas en diferentes fases del juego. El objetivo de cada equipo, despertar a Groudon y Kyogre, respectivamente, se acaba cumpliendo.
Rayquaza ocupa un lugar destacado en la trama, ya que es despertado para detener la destructiva batalla entre Groudon y Kyogre. Ahora es el único de los tres Pokémon antiguos que se puede capturar antes del desafío de los Cuatro de Élite, y sigue estando en el mismo lugar y en el mismo nivel alto que en Rubí y Zafiro.