Prototype - Vídeo

El juego sigue a Alexander J. Mercer (al que pone voz Barry Pepper), que se despierta en un depósito de cadáveres en el sótano de Gentek, una empresa de ingeniería genética con sede en Manhattan, haciendo huir a un par de científicos que estaban a punto de realizar una autopsia. Alex escapa y es testigo de cómo los científicos son abatidos por agentes militares. Alex es descubierto y atacado. Sobrevive a las balas que le disparan en el pecho y salta un muro para ponerse a salvo. Pronto descubre que ahora posee poderosas habilidades para cambiar de forma, fuerza sobrehumana, velocidad, agilidad, durabilidad, sentidos, resistencia, armamento y la capacidad de "consumir" personas para obtener sus recuerdos, habilidades y apariencia. Sin recuerdos de su vida anterior, Alex decide encontrar y consumir a los relacionados con la conspiración para descubrir la verdad. Durante su búsqueda, Alex se enfrenta a dos facciones: el Cuerpo de Marines de los Estados Unidos y Blackwatch, una unidad de fuerzas especiales de Fort Detrick dedicada a combatir la guerra biológica; y los Infectados, monstruos creados por un virus conocido como BLACKLIGHT que está invadiendo Manhattan. El capitán Robert Cross (al que pone voz Jeffrey Pierce), un oficial de Blackwatch, recibe órdenes de encontrar y contener a Alex.

Alex se pone en contacto con su hermana, Dana (a la que pone voz Lake Bell), que le ayuda a localizar objetivos, lo que le lleva a infiltrarse en el cuartel general de Gentek. Encuentra a una joven llamada Elizabeth Greene encerrada en el edificio. Greene es una anfitriona de BLACKLIGHT y al escapar la desata sobre Manhattan. Dana dirige a Alex hacia Karen Parker, su ex novia. Ella accede a ayudarle a detener el virus, pero le pide a Alex que le traiga muestras del virus. Más tarde, Karen lleva a Alex a una trampa, donde se enfrenta a Cross. Durante su batalla, Alex casi derrota a Cross cuando éste menciona "Penn Station", lo que desencadena un flashback que deja a Alex aturdido. Alex es inyectado con un parásito que amenaza con matarlo. Alex busca la ayuda del Dr. Ragland, un patólogo vinculado a Gentek. Ragland ayuda a Alex a eliminar el parásito y a convertirlo en un arma contra Greene. Sin embargo, no tiene ningún efecto sobre Greene, ya que su cuerpo rechazó el parásito inmediatamente, y la biomasa rechazada forma un ser monstruoso, el Cazador Supremo, al que Alex mata.

Los orígenes del virus y de Elizabeth Greene se descubren a través de un contacto: en 1969 el gobierno probó en Hope, Idaho, el predecesor del virus, diseñado para atacar a razas predeterminadas. El virus mutó en algo mucho más mortífero, y toda la población quedó infectada. Elizabeth Greene fue la única superviviente; una anomalía en la biología de su cuerpo aceptó el virus, reescribiendo su código genético junto con el de su hijo no nacido, cuyo nombre en clave es PARIAH. La población restante de Hope, Idaho, fue liquidada por Blackwatch. Greene y PARIAH fueron mantenidos en cautiverio para una mayor investigación.

Alex descubre su propio pasado: Blackwatch cerró el proyecto Gentek debido a filtraciones y ordenó la eliminación de todo el personal del proyecto. Alex Mercer se llevó una muestra de BLACKLIGHT como "seguro". Finalmente es inmovilizado por Blackwatch en Penn Station. Alex, en un último acto de desesperación y venganza, rompe el frasco que contiene el BLACKLIGHT, liberando el virus antes de ser abatido. El virus entró en el torrente sanguíneo de Mercer a través de los agujeros de bala y reparó su cuerpo a nivel celular.

El contacto y Alex bombean un nuevo agente biológico "BLOODTOX" bajo tierra para llevar el virus a la superficie, donde puede ser combatido directamente, lo que hace que Greene emerja, encerrado en una imponente monstruosidad. Una vez derrotada, Greene cae del monstruo en forma humana y es consumida por Alex. A través de sus recuerdos, se hace evidente que el general Randall, jefe de Blackwatch, está preparado para destruir Manhattan con un arma nuclear. El contacto, que se revela como Cross. Alex, con la ayuda del capitán, se infiltra en el USS Ronald Reagan para detener a Randall. Una vez que Alex consume a Randall, Cross se revela como el Cazador Supremo, que asumió la identidad de Cross después de consumirlo, y ataca a Alex, afirmando que cuando Blackwatch abandone NYZ ya no buscará infectados, y que después de consumir a Alex, éste será lo suficientemente fuerte como para sobrevivir a la detonación nuclear. Alex derrota al Cazador Supremo y traslada el arma al Océano Atlántico con un helicóptero, donde detona y le atrapa la explosión. Sus restos flotan de vuelta a la ciudad y se regeneran tras consumir un cuervo.

Durante los créditos, se revela que la opinión pública considera que fueron los militares quienes detuvieron la infección; se oye a un senador estadounidense decir a los medios de comunicación que los sucesos de Manhattan fueron un caso de terrorismo nuclear y biológico, y promete castigar a los responsables. Alex, reflexionando sobre los acontecimientos ocurridos y la verdad que ha descubierto sobre sí mismo, afirma que se ha "convertido en algo menos que humano, pero también en algo más". Después de los créditos, se muestra que Manhattan se está recuperando lentamente, el virus ha sido erradicado casi por completo. Alex, de pie en lo alto del edificio Reuters en Times Square, comenta que su trabajo está casi terminado.