Serious Sam HD: The Second Encounter - Vídeo

El Segundo Encuentro comienza donde lo dejó el juego anterior, con Sam viajando a Sirio en la SSS Centerprice. Por desgracia, la nave es golpeada accidentalmente por el "Croteam crate-bus" y cae en picado a la superficie de la Tierra. Mientras la nave cae, Sam lee las coordenadas y se preocupa por aterrizar de nuevo en Egipto, pero en su lugar se estrella en Centroamérica, en la época maya, con la nave estelar muy dañada tras el impacto. Sin embargo, no se pierden todas las esperanzas, ya que los sirios dejaron en la Tierra una "nave estelar de reserva", que era un mecanismo de seguridad en caso de que le ocurriera algo a la SSS Centerprice. Sin embargo, como esta nave estelar de reserva se encuentra en un tiempo y una época diferentes de donde y cuando Sam se encuentra actualmente, tendrá que descubrir la ubicación de los portales sirios que le ayudarán a llegar a su destino.