Sly Spy - Vídeo

El argumento se asemeja a algunas películas y novelas de la serie de James Bond y tiene lugar en Estados Unidos en un periodo de tiempo no especificado que se describe en el juego como "199X". Durante la secuencia de introducción, el presidente y su esposa están saludando a la multitud junto a una limusina en la Casa Blanca de Washington D.C., cuando unos terroristas (algunos llegan volando con mochilas propulsoras) se acercan al presidente y a su esposa armados y peligrosos, y, en cuanto la pantalla se vuelve roja y se oyen ruidos de disparos, parecen disparar no sólo a la multitud, sino también al presidente y a la primera dama, que son dados por muertos.

Más tarde, un agente secreto que trabaja para el servicio secreto estadounidense, y al que sólo se conoce por el nombre de Sly, es informado de que los terroristas que atacaron la ceremonia presidencial fueron localizados, identificados y se confirmó que eran miembros del CWD (Consejo para la Dominación Mundial). El CWD es una organización criminal secreta y clandestina con bases terroristas, involucrada en el tráfico de drogas y armas y en la corrupción gubernamental, y que en última instancia trama la conquista del mundo. El servicio secreto encarga a Sly que elimine al CWD.

Al escuchar la desesperada petición de libertad del mundo y con la esperanza de proteger a sus seres más queridos, Sly salta de un avión hacia Washington D.C., y comienza su campaña para evitar que los terroristas se infiltren no sólo en la ciudad, sino en varios puntos de los Estados Unidos, y también debe impedir que se lance un misil nuclear y golpee la Tierra.