Star Wars: Republic Commando - Vídeo

Tras un montaje que detalla brevemente la creación del Escuadrón Delta, sus primeros años de vida y su entrenamiento en las instalaciones de clonación de Kamino, el juego comienza con el despliegue del equipo en el frente de la Batalla de Geonosis al comienzo de las Guerras Clon. Allí, el líder del equipo Delta-38 ("Jefe", el personaje del jugador) se reúne con sus compañeros de escuadrón 62, 40 y 07 ("Scorch", "Fixer" y "Sev", respectivamente) mientras reciben su primera misión: asesinar a Sun Fac, teniente jefe del archiduque geonosiano Poggle el Menor, uno de los miembros del Consejo Separatista. Una vez completado con éxito su objetivo, el Escuadrón Delta sabotea la fábrica de droides situada bajo el cuartel general de Sun Fac, desactiva un búnker antiaéreo que está causando estragos en las fuerzas aéreas del Ejército de la República, y se cuela en una nave central de la Federación de Comercio separatista inutilizada de clase Lucrehulk para robar importantes códigos de lanzamiento que impidan la retirada de la flota separatista; escapando momentos antes de que la nave sea destruida.

Un año después de la guerra, el ahora veterano Escuadrón Delta es enviado a investigar la abandonada Nave de Asalto de la República (RAS) clase Acclamator, su antiguo hogar antes de ser desplegado al servicio activo. El Escuadrón Delta se divide para investigar, perdiendo rápidamente el contacto con el mando mientras abordan la nave. Al entrar en la nave, el escuadrón encuentra el Fiscal aparentemente abandonado y en mal estado. El escuadrón pierde el contacto con Scorch después de que éste informe de una interferencia eléctrica en su visor, y Boss no tarda en sufrir una emboscada de droides carroñeros. Boss se dirige a uno de los núcleos de datos de la nave para reunirse con Sev, pero de repente es atacado y capturado por un Trandoshan que forma parte de una gran tripulación de esclavistas y mercenarios que se han apoderado de la nave. Tras eludir su captura, Boss y Fixer se reúnen, pero pronto son atacados por droides de batalla desplegados por los trandoshanos. Tras rescatar a sus miembros cautivos, el escuadrón Delta recupera el puente de la nave y destruye un dispositivo de interferencia que restablece la comunicación con el mando. Queda claro que los trandoshanos pretenden vender la nave a los separatistas a cambio de dispensadores de droides de batalla. Al bajar a los hangares, el escuadrón Delta destruye la nave Trandoshana durante su retirada. Inmediatamente después, una nave de combate de la Federación de Comercio de clase Lucrehulk sale del hiperespacio. Como los refuerzos de la República están en camino, el escuadrón Delta defiende la nave contra hordas de droides de batalla. Tras repeler con éxito a las fuerzas de droides entrantes, el acorazado enemigo comienza a abrir fuego contra el Fiscal. El Escuadrón Delta se abre paso hasta la cubierta de artillería para activar los turbo láseres de la nave con el fin de defenderse. La oportuna llegada de una segunda nave de la República, el RAS Arrestor, hace que el escuadrón tenga tiempo suficiente para activar los turbo láseres, destruyendo finalmente el Acorazado Separatista y apagando a todos los droides de batalla restantes a bordo.