Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus - Noticias

El juego comienza con una batalla contra el Clan del Pie y Hun en el rascacielos de Oroku Saki. El Foot es derrotado, y el Maestro Splinter desaparece misteriosamente. Las Tortugas siguen el rastro hasta un edificio con el nombre de "T.C.R.I.", que resulta esconder un extraño secreto bajo su inocuo exterior: sus empleados son miembros de una raza alienígena con forma de cerebro, los Utroms. Mientras luchan contra estos nuevos y extraños enemigos, las Tortugas son teletransportadas accidentalmente a diferentes puntos de la galaxia, encontrándose con el profesor Honeycutt en D'Hoonib, y acaban siendo un fuego cruzado en la guerra entre los Triceratones y la Federación: ambos bandos van detrás del Fugitoide por su tecnología. En el camino, se encuentran con un cazarrecompensas intergaláctico llamado Slashuur. Se dice que es el cazarrecompensas más poderoso del universo, y Honeycutt escuchó leyendas sobre él cuando era pequeño. Irónicamente, Honeycutt es quien persigue a Slashuur, que ha sido contratado por los Triceratones para capturarlo. Después de que las Tortugas lo derroten, Slashuur revela que tiene conocimiento de Hamato Yoshi antes de marcharse. Antes de escapar del mundo de los Triceratones, las Tortugas se hacen amigas y liberan a un noble guerrero Triceratón que había sido obligado a luchar como gladiador, Traximus.

Al regresar a la Tierra y al edificio del T.C.R.I., se revela que los Utroms habían rescatado a un Splinter herido y lo estaban cuidando. Los Utroms colocan a los TMNT y a Splinter en una máquina de realidad virtual para explicarles mejor sus orígenes. Hace cientos de años, los Utroms viajaban a través de la galaxia, transportando a un pícaro asesino de su especie, Ch'rell. Su nave se estrella en la Tierra, en el país de Japón. Ch'rell escapa, mientras que los utroms se ven obligados a esperar a que la tecnología de la Tierra se ponga a la altura de la suya para poder volver a casa. Algún tiempo después, tras conseguir la ayuda de algunos humanos como Ninja Guardianes, los Utroms son emboscados por un señor de la guerra fuertemente blindado conocido como La Trituradora. Mientras tanto, en el mundo real, Baxter Stockman sabotea la máquina de realidad virtual, y los peligros de su interior se presentan como reales para las Tortugas y Splinter. Tras derrotar a Shredder y a su Ninja Pie Feudal, las Tortugas se encuentran con el Utrom Mortu, que les da un dispositivo que les permite volver al mundo real. Desgraciadamente, cuando llegan allí, encuentran a Shredder y al Pie atacando el edificio del T.C.R.I. Durante su lucha, colocan un dispositivo de destrucción orgánica y los Utrom escapan a través de su Transmat. Las Tortugas derrotan a Shredder antes de que pueda perseguirlas, y se revela que no sólo es el mismo Shredder que vieron en el Japón Feudal, sino que también es el malvado Utrom Ch'rell. Las Tortugas escapan del edificio antes de que estalle el dispositivo, pero Ch'rell no tiene tanta suerte.

Más tarde, las Tortugas se encuentran con un gigantesco caimán antropomórfico en las alcantarillas llamado Leatherhead. Tras una refriega, Leatherhead se da cuenta de que él y las Tortugas están en el mismo bando. Cuenta su propio origen: que una vez fue una cría de caimán, encontrada por un Utrom y adoptada. Leatherhead entró en contacto con algunos Retromutagen Ooze, y se convirtió en lo que es actualmente, al igual que las Tortugas. Vivió con los Utroms, considerándolos su familia. Cuando el edificio del T.C.R.I. explotó, huyó a las alcantarillas y se instaló en la antigua guarida de las Tortugas, intentando construir un Transmat propio para seguir a los Utroms. Desgraciadamente, se revela que su socio en este empeño no era otro que Baxter Stockman, que fingía una alianza con los Utrom. Baxter, al darse cuenta de que se le había acabado el chollo, lanzó un tanque químico y huyó, provocando el derrumbe del techo de la guarida de Leatherhead. Leatherhead insta a sus nuevos amigos a escapar mientras sostiene los escombros que se derrumban. Las Tortugas escapan justo a tiempo para ver cómo el techo se derrumba por completo sobre Leatherhead.