Tom Clancy's The Division - Vídeo

El Viernes Negro, una pandemia de viruela, transmitida por un virus plantado en los billetes, se extiende por la ciudad de Nueva York. La enfermedad, conocida como "Veneno Verde" o "La Gripe del Dólar", provoca un caos generalizado, y Manhattan se pone en cuarentena. El Gobierno de Estados Unidos activa a los agentes durmientes de la población que operan para la Agencia Estratégica de Defensa de la Patria, o simplemente "La División", para que ayuden a los equipos de emergencia, ahora llamados Joint Task Force (JTF), a restablecer el orden. En Brooklyn, el protagonista, un agente de la División, asiste a la JTF antes de planear su partida a la zona de Cuarentena con su compañera Faye Lau. Sin embargo, el VTOL que debía llevarlos hasta allí es destruido en una explosión, matando al comandante de la División e hiriendo a Faye Lau. Al llegar en un helicóptero de la JTF, los agentes de la División recuperan el edificio de correos James A. Farley como base de operaciones. Desde allí, los agentes emprenden misiones para rescatar a personal importante, ayudar a restablecer la base de operaciones a su plena capacidad de trabajo y combatir a los grupos criminales, como los Rioters, matones callejeros comunes en Nueva York que generalmente quieren aprovecharse de la cuarentena, los Rikers, fugados de la isla de Rikers, y los Cleaners, trabajadores locos de Sanidad de Nueva York que empuñan lanzallamas y creen que todo el mundo está infectado. En el transcurso del juego, el agente ayuda a rescatar a personal importante como la doctora Jessica Kandel, el capitán Roy Benítez y Paul Rhodes. Este personal dirige las alas médica, de seguridad y técnica de la base de operaciones, respectivamente. Los agentes también recuperan una muestra de Veneno Verde. El estudio de la muestra revela que el virus fue fabricado y luego modificado en gran medida por un controvertido biólogo llamado Gordon Amherst.

Finalmente, los agentes encuentran imágenes del agente de la División Aaron Keener, que se ha rebelado y ha matado a otros agentes. También se descubre que Keener y otros agentes que se rebelaron junto a él están ayudando al "Batallón del Último Hombre" (LMB), una empresa militar privada traidora que fue abandonada por el gobierno durante la evacuación, ahora hostil a éste. Trabajando juntos, estos dos grupos destruyen el VTOL y matan al Comandante para debilitar las operaciones de la División en Nueva York. Al interceptar una señal del consulado ruso, los agentes intentan rescatar a Vitaly Tchernenko, un virólogo ruso que dice tener información sobre el Veneno Verde. Sin embargo, es secuestrado por Keener y el LMB antes de que la División pueda llegar hasta él. Tras ayudar a la JTF a conseguir suministros y armas, los agentes de la JTF y de la División lanzan un ataque contra la base del LMB, la sede evacuada de las Naciones Unidas. El agente encuentra imágenes de Keener y de sus compañeros de los agentes renegados abandonando el LMB, con Tcherneko como su prisionero. El líder del LMB, Charles Bliss, intenta escapar en un helicóptero, pero el agente destruye el vehículo, matando a Bliss. Lau informa al agente de que, con la mayoría de las amenazas destruidas o debilitadas, Nueva York se acerca a la estabilidad, pero una señal desconocida lleva al agente a un laboratorio aislado. Allí encuentran los restos del Dr. Amherst, tras descubrir que ha muerto por la exposición a su propio virus. También encuentran un mensaje de Keener, que muestra que tiene la tecnología para fabricar una nueva cepa de Veneno Verde y pretende hacerlo, y misteriosamente le dice al agente que explore el centro de Manhattan, llamado "Zona Oscura". El agente es informado de que la información del laboratorio favorecerá el desarrollo de una vacuna y se le muestra un mensaje recuperado de Amherst. En el mensaje, Amherst revela que diseñó el Veneno Verde como parte de su plan ecoterrorista para diezmar la raza humana y preservar el planeta.