Assassin's Creed: Bloodlines

Poco dopo la fine del primo gioco, Altaïr Ibn-La'Ahad viene a conoscenza di un piano dei Templari rimasti per fuggire a Cipro e si infiltra in una delle loro roccaforti a San Giovanni d'Acri per impedirglielo. Sebbene non riesca nell'intento, sconfigge e cattura Maria Thorpe, che ha tentato di vendicare il suo precedente padrone, Robert de Sablé, morto per mano di Altaïr. Riuscendo a noleggiare una nave, Altaïr si dirige anche lui a Cipro all'inseguimento della mela, con Maria al seguito.

Una volta lì, viene a sapere della presenza di Armand Bouchart, che è succeduto a Robert de Sablé come Gran Maestro dell'Ordine Templare. Altaïr viene anche a conoscenza, e ottiene l'assistenza, di un movimento di resistenza nella città che si oppone alla presenza dei Templari, i quali, dopo aver acquistato l'isola da Re Riccardo, hanno formato un governo repressivo per controllare la terra e la sua gente. Viene anche a conoscenza di un "archivio" templare, un tesoro di conoscenze e manufatti templari, nascosto da qualche parte sull'isola. Fedele al metodo degli Assassini, Altaïr cerca di localizzare l'archivio e di liberare Cipro dalla morsa di Bouchart, innanzitutto uccidendo i suoi sottoposti: Federico "il Rosso", Moloch "il Toro", Shalim e Shahar "i Gemelli" e l'Oracolo Oscuro "la Strega", per poi affrontare e sconfiggere Bouchart nell'archivio, il cui contenuto è stato evacuato e trasferito dai soldati templari. Dopo la morte di Bouchart, l'archivio inizia a crollare, ma Altaïr riesce a fuggire.

Il gioco descrive anche il rapporto tra Altaïr e Maria. All'inizio Maria è ostile e sarcastica nei confronti di Altaïr (secondo le sue stesse parole, "l'uomo che mi ha risparmiato il collo ma mi ha rovinato la vita"), ma con l'evolversi della storia si affeziona gradualmente all'assassino che, nonostante i suoi ripetuti tentativi di fuga, la salva ripetutamente dal male e non la punisce. Alla fine decide di aiutare Altaïr, uccidendo una talpa templare nella resistenza quando questa tenta di uccidere Altaïr e affrontando Bouchart al suo fianco nella battaglia finale, essendosi a questo punto innamorata dell'assassino. Dopo la fuga dall'archivio templare, i due decidono di dirigersi a est verso l'India.