Mega Man Zero 2 - Guida

È passato un anno da quando Zero ha sconfitto la copia X. Da allora ha trascorso il suo tempo a vagare nel deserto sconfiggendo ondate di Pantheon su ondate. All'apertura del gioco, Zero si fa strada stancamente attraverso una tempesta di sabbia avvolto in un mantello a brandelli. Quando le sabbie si ritirano, si rende conto di essere nuovamente inseguito dai nemici. Nonostante sia in rovina, con l'armatura incrinata e le armi rotte (l'asta e lo scudo sono inutili), il suo mantello viene gettato al vento e la sua pistola Buster Shot viene estratta per difendersi.

Altrove, i tre membri superstiti dei Quattro Guardiani (Phantom si è autodistrutto nel tentativo di fermare l'assalto di Zero all'Area X nel gioco precedente) hanno assunto il comando di Neo Arcadia, con Harpuia come leader. La morte di Copy X è stata insabbiata, poiché gli umani lo veneravano come loro salvatore. Harpuia lascia Neo Arcadia e incontra Zero dopo la sua battaglia nel deserto. Harpuia lo porta alla nuova base della Resistenza, dove Zero viene riparato e si riunisce a Ciel e al resto della Resistenza, incontrando anche il loro nuovo comandante, Elpizo. Da sola nel suo ufficio, Ciel racconta a Zero i cambiamenti avvenuti nell'anno in cui era scomparso e gli ricorda il suo obiettivo finale di creare un nuovo sistema energetico. Gli mostra un cucciolo di elfo, che è la base della sua attuale ricerca.