NieR - Video

Il gioco si apre con un prologo nell'estate del 2049, durante una tempesta di neve. In un moderno negozio di alimentari in rovina, Nier (Jamieson Price) respinge gli attacchi di mostri eterei per proteggere la sua giovane figlia malata, Yonah (Heather Hogan). Dopo aver sconfitto i mostri, controlla Yonah, che ha iniziato a tossire gravemente. Il gioco si sposta a 1.312 anni dopo, dove il giocatore vede quelli che sembrano essere gli stessi due personaggi, che ora vivono in un villaggio costruito sulle rovine di una vecchia città. Il villaggio a bassa tecnologia è uno dei tanti ed è circondato da rovine più moderne, come resti di binari ferroviari e macchinari industriali. Le aree tra le città sono piene di mostri conosciuti come Shades che attaccano i viaggiatori.
Poiché la malattia di Yonah, lo Striscio Nero, è terminale, Nier si mette alla ricerca di una cura. Nel farlo, Nier trova un libro parlante, il Grimorio Weiss (Liam O'Brien), che suggerisce ai due di unirsi per usare la magia di Weiss e trovare una cura per la malattia di Yonah. Nella loro ricerca incontrano Kainé (Laura Bailey), una spadaccina irascibile e sboccata, ed Emil (Julie Ann Taylor), un ragazzo bendato i cui occhi pietrificano chiunque li veda. Dopo un po' di tempo di viaggio, il villaggio viene attaccato da un'ombra gigante; la battaglia culmina con il trasporto di Yonah da parte di un maestro dell'ombra che appare all'improvviso - lo Shadowlord - e che porta con sé il suo libro, Grimoire Noir.
Il gioco fa poi un salto in avanti di cinque anni. Nier e gli altri stanno cercando di trovare i pezzi di una chiave che credono li aiuterà a localizzare lo Shadowlord e il Grimoire Noir. Dopo aver sconfitto cinque Shades e assemblato la chiave, la squadra va a sconfiggere lo Shadowlord. Lì, Devola e Popola (entrambi doppiati da Eden Riegel), personaggi che hanno guidato Nier nella sua ricerca, appaiono per cercare di fermarli. Spiegano che oltre 1300 anni prima l'umanità ha rischiato l'estinzione a causa di una malattia incurabile. Nel tentativo di sopravvivere, hanno separato le loro anime dai loro corpi usando il Grimoire Noir e Weiss. Crearono dei cloni resistenti alla malattia, i Replicanti, e intendevano ricombinare le anime, o Gestalt, con i corpi dei Replicanti una volta estinti; Devola e Popola erano androidi incaricati di supervisionare il progetto. Nel corso del tempo, i replicanti hanno iniziato a formare la propria identità, mentre le Gestalt, o Shades, sono diventate aggressive nei loro confronti.[7]
Nier sconfigge la coppia, con Emil che si sacrifica per garantire il progresso dei suoi amici. Il gruppo rimanente sconfigge quindi lo Shadowlord e il giocatore scopre che si tratta della forma Gestalt del Nier del prologo. Spinto a proteggere la sua Yonah, è stato il primo Gestalt e l'ha unita alla Yonah replicante. La Yonah originale, tuttavia, dice al Gestalt Nier che può sentire la nuova Yonah dentro di lei e che ama il replicante Nier e merita il corpo allo stesso modo.[8] Si libera del corpo e Nier e Yonah si riuniscono.
Se il giocatore gioca di nuovo il gioco, inizia subito dopo il salto di cinque anni. Il giocatore viene a conoscenza del passato di Kainé, tra cui il fatto che è intersessuale, che insieme alla morte dei suoi genitori ha causato il suo ostracismo da bambina, e che è parzialmente posseduta da un'Ombra. Il giocatore acquisisce la capacità di capire cosa dicono gli Shade, compreso quello che possiede Kainé, anche se nel gioco Nier, Weiss ed Emil non sono ancora in grado di farlo. Vengono inoltre mostrate delle scene aggiuntive che spiegano le motivazioni e la storia dei boss degli Shade che vengono combattuti e li mostrano come persone senzienti che cercano di difendere i loro amici da Nier. Il finale del secondo playthrough mostra che Emil sopravvive al suo sacrificio e che Gestalt Nier e Yonah si riuniscono nell'aldilà. In un terzo playthrough il giocatore può scegliere di salvare Kainé, che viene vista agonizzante; Nier può ucciderla per porre fine alle sue sofferenze o sacrificare la sua vita per lei. Quest'ultima scelta non solo cancella ogni ricordo di lui dalla mente degli altri personaggi, come mostra una scena finale, ma cancella anche tutti i progressi salvati dal giocatore, come se il gioco non fosse mai stato giocato. Inoltre, se il giocatore vuole ricominciare una nuova partita, non potrà inserire lo stesso nome scelto per il personaggio di Nier nel precedente playthrough.