Prototype - Notizie

Il gioco segue Alexander J. Mercer (doppiato da Barry Pepper) che si risveglia in un obitorio nel seminterrato della Gentek, una società di ingegneria genetica con sede a Manhattan, facendo scappare una coppia di scienziati che stavano per eseguire un'autopsia. Alex fugge e assiste all'uccisione degli scienziati da parte di agenti militari. Alex viene scoperto e attaccato. Sopravvive ai proiettili che gli vengono sparati nel petto e si mette in salvo scavalcando un muro. Ben presto scopre di possedere potenti capacità di mutare forma, forza sovrumana, velocità, agilità, durata, sensi, resistenza, armi e la capacità di "consumare" le persone per acquisire i loro ricordi, abilità e aspetto. Senza memoria della sua vita precedente, Alex decide di trovare e consumare le persone legate alla cospirazione per scoprire la verità. Durante la sua ricerca, Alex dovrà affrontare due fazioni: il Corpo dei Marines degli Stati Uniti e la Blackwatch, un'unità delle forze speciali di Fort Detrick dedicata alla lotta contro la guerra biologica, e gli Infetti, mostri creati da un virus noto come BLACKLIGHT che sta invadendo Manhattan. Il Capitano Robert Cross (doppiato da Jeffrey Pierce), un ufficiale della Blackwatch, riceve l'ordine di trovare e contenere Alex.

Alex entra in contatto con la sorella Dana (doppiata da Lake Bell), che lo assiste nel rintracciare gli obiettivi e lo porta a infiltrarsi nel quartier generale di Gentek. Nell'edificio trova una giovane donna di nome Elizabeth Greene. Greene è un ospite di BLACKLIGHT e, dopo la sua fuga, lo scatena su Manhattan. Dana indirizza Alex da Karen Parker, la sua ex fidanzata. La donna accetta di aiutarlo a fermare il virus, ma chiede ad Alex di portare con sé dei campioni del virus. In seguito Karen conduce Alex in una trappola, dove viene affrontato da Cross. Durante la battaglia, Alex ha quasi sconfitto Cross quando quest'ultimo ha menzionato "Penn Station", innescando un flashback che lascia Alex stordito. Ad Alex viene iniettato un parassita che minaccia di ucciderlo. Alex chiede aiuto al dottor Ragland, un patologo legato a Gentek. Ragland aiuta Alex a rimuovere il parassita e a trasformarlo in un'arma contro Greene. Tuttavia, non ha alcun effetto su Greene, poiché il suo corpo respinge immediatamente il parassita e la biomassa respinta forma un essere mostruoso, il Cacciatore Supremo, che Alex uccide.

Le origini del virus e di Elizabeth Greene vengono scoperte grazie a un contatto: nel 1969 il governo ha testato a Hope, nell'Idaho, il predecessore del virus, progettato per colpire razze predeterminate. Il virus mutò in qualcosa di molto più letale e l'intera popolazione fu infettata. Elizabeth Greene fu l'unica sopravvissuta; un'anomalia nella biologia del suo corpo accettò il virus, riscrivendo il suo codice genetico insieme a quello del figlio non ancora nato, il cui nome in codice è PARIAH. La popolazione rimanente di Hope, nell'Idaho, fu liquidata dalla Blackwatch. Greene e PARIAH furono tenuti in cattività per ulteriori ricerche.

Alex scopre il proprio passato: Blackwatch ha chiuso il progetto Gentek a causa di fughe di notizie e ha ordinato l'eliminazione di tutto il personale del progetto. Alex Mercer prese un campione di BLACKLIGHT come "assicurazione". Alla fine viene bloccato dalla Blackwatch alla Penn Station. Alex, in un ultimo atto di disperazione e vendetta, frantuma la fiala contenente BLACKLIGHT, rilasciando il virus prima di essere ucciso. Il virus entra nel flusso sanguigno di Mercer attraverso i fori di proiettile e ripara il suo corpo a livello cellulare.

Il contatto e Alex pompano un nuovo agente biologico "BLOODTOX" nel sottosuolo per spingere il virus in superficie, dove può essere combattuto direttamente, facendo emergere Greene, racchiuso in un'imponente mostruosità. Una volta sconfitta, Greene cade dal mostro in forma umana e viene consumata da Alex. Attraverso i suoi ricordi, si scopre che il Generale Randall, capo della Blackwatch, è pronto a distruggere Manhattan con un'arma nucleare. Il contatto, che si rivela essere Cross. Alex, con l'aiuto del capitano, si infiltra nella USS Ronald Reagan per fermare Randall. Una volta che Alex ha consumato Randall, Cross si rivela essere il Cacciatore Supremo, che ha assunto l'identità di Cross dopo averlo consumato, e attacca Alex, affermando che quando la Blackwatch lascerà NYZ non sarà più alla ricerca di infetti e che, dopo aver consumato Alex, sarà abbastanza forte da sopravvivere alla detonazione nucleare. Alex sconfigge il Cacciatore Supremo e sposta l'arma nell'Oceano Atlantico con un elicottero, dove esplode e lo cattura nell'esplosione. I suoi resti tornano in città e si rigenerano dopo aver consumato un corvo.

Durante i titoli di coda, si scopre che l'opinione pubblica ritiene che siano stati i militari a fermare l'infezione; si sente un senatore degli Stati Uniti dire ai media che gli eventi di Manhattan sono stati un caso di terrorismo nucleare e biologico e promette una punizione per i responsabili. Alex, riflettendo sugli eventi accaduti e sulla verità che ha scoperto su se stesso, afferma di essere "diventato qualcosa di meno che umano, ma anche qualcosa di più". Dopo i titoli di coda, Manhattan si riprende lentamente e il virus è stato quasi completamente debellato. Alex, in piedi in cima al Reuters Building di Times Square, commenta che il suo lavoro è quasi finito.