Sonic the Hedgehog 3 & Knuckles

Alla fine di Sonic the Hedgehog 2, il malvagio Dr. Robotnik ha fatto abbattere il suo Death Egg dall'orbita dagli eroi, Sonic the Hedgehog e il suo compagno Miles "Tails" Prower. Non essendo stato completamente distrutto, l'Uovo della Morte si è schiantato sull'Isola Galleggiante, portandolo nell'oceano sottostante. Quest'isola ha proprietà speciali, non ultima quella di avere un potere di sospensione magica. Quando il Dr. Robotnik rileva la presenza di un enorme Smeraldo del Caos nelle profondità dell'isola, decide di cercare ancora una volta gli Smeraldi del Caos in modo che il suo Uovo della Morte caduto possa riprendere l'orbita nello spazio. Trasformando ancora una volta la sua cocente sconfitta in un elegante vantaggio, rapisce gli Animali per trasformarli in Badnik e creare una nuova linea di armi.

Nel frattempo, Knuckles sta facendo la sua solita passeggiata lungo l'altare di Smeraldo per controllare se gli Smeraldi sono a posto, ma all'improvviso un enorme terremoto spunta dal nulla; Knuckles vede gli Smeraldi riverberare a mezz'aria e, stordito, viene improvvisamente scaraventato in aria prima di perdere i sensi. Al suo risveglio, gli Smeraldi del Caos non c'erano più, ma Knuckles vide anche un enorme uovo in lontananza e, sorpreso, ricordò la leggenda di un antico drago inviato a distruggere il mondo nei tempi della fine. Una figura gigantesca a forma di uovo è apparsa dal nulla, chiamandosi "Dr. Eggman", e ha spiegato a Knuckles che era venuto qui per studiare questo uovo gigante, e che un riccio malvagio di nome Sonic stava cercando non solo di interferire con la sua ricerca, ma anche di rubare i Chaos Emeralds. Knuckles, ingannato dal dottore, corse a cercare questo malfattore. Eggman sorrise tra sé e sé, compiaciuto della sua capacità di mentire.

Subito dopo l'evento di Sonic 3, in cui l'arma orbitale del Dr. Robotnik, l'Uovo della Morte, viene danneggiata durante una battaglia con Sonic e si schianta su Angel Island. Sonic attraversa ogni zona alla ricerca degli Smeraldi del Caos per sconfiggere Robotnik e ancora una volta entra in conflitto con Knuckles, che crede che Sonic stia cercando di rubare gli Smeraldi per sé. Nella Zona del Palazzo Nascosto, Sonic combatte e sconfigge Knuckles. I due sentono un rumore fuori dalla camera ed escono per scoprire che il Dr. Robotnik ha rubato il Master Emerald, il segreto dei poteri di levitazione dell'isola. Knuckles tenta di attaccare Robotnik, ma subisce una scossa elettrica e rimane intrappolato con Sonic in un passaggio sotterraneo. Knuckles, capendo che Sonic è dalla sua parte, gli mostra un portale che li conduce a Sky Sanctuary, dove il Death Egg si sta rilanciando. Sonic si infiltra nel Death Egg e sconfigge Robotnik come Super Sonic.

La storia di Knuckles, che si svolge dopo gli eventi della campagna di Sonic, inizia a Mushroom Hill,[b] dove si sta rilassando con i suoi amici animali, ma viene interrotto da una bomba lanciata da EggRobo. Questo spinge Knuckles a inseguirlo, facendogli attraversare versioni più difficili della maggior parte delle stesse zone attraversate da Sonic. L'inseguimento termina sui resti danneggiati di Sky Sanctuary, dove un robot chiamato Mecha Sonic attacca Knuckles ma distrugge accidentalmente EggRobo. Dopo un breve combattimento, Mecha Sonic utilizza il potere del Master Emerald per ottenere una forma Super simile a quella di Sonic. Knuckles riesce a sconfiggere Super Mecha Sonic, che esplode. Sonic arriva pilotando il biplano Tornado e Knuckles si fa dare un passaggio per riportare il Master Emerald ad Angel Island. Se tutti i Chaos Emerald sono stati raccolti, Angel Island sale verso l'alto, nel cielo. Tuttavia, se il giocatore non ha raccolto tutti i Chaos Emerald, Knuckles non può riscattare il Master Emerald e Angel Island precipita nell'oceano.