Star Wars: Republic Commando - Video

Dopo un montaggio che descrive brevemente la creazione, la vita e l'addestramento della Squadra Delta presso le strutture di clonazione di Kamino, il gioco inizia con l'invio della squadra in prima linea nella Battaglia di Geonosis, all'inizio delle Guerre dei Cloni. Lì, il caposquadra Delta-38 ("Boss", il personaggio del giocatore) si riunisce con i compagni di squadra 62, 40 e 07 ("Scorch", "Fixer" e "Sev" rispettivamente) quando ricevono il loro primo incarico: assassinare Sun Fac, luogotenente capo dell'arciduca geonosiano Poggle il Minore, uno dei membri del Consiglio Separatista. Una volta completato con successo l'obiettivo, la Squadra Delta sabota la fabbrica di droidi sotto il quartier generale di Sun Fac, disabilita un bunker antiaereo che sta distruggendo le forze aeree dell'Esercito della Repubblica e si intrufola su una nave centrale di classe Lucrehulk della Federazione Separatista per rubare importanti codici di lancio che impediscono alla flotta separatista di ritirarsi, fuggendo un attimo prima che la nave venga distrutta.

A un anno dall'inizio della guerra, la Squadra Delta, ormai veterana, viene inviata a indagare sulla derelitta Nave d'Assalto Repubblicana (RAS) Prosecutor, la loro vecchia casa prima di essere schierata in servizio attivo. La Squadra Delta si divide per indagare e perde rapidamente il contatto con il comando mentre sale a bordo della nave. Entrando, la squadra trova il Prosecutor apparentemente abbandonato e in rovina. La squadra perde il contatto con Scorch, che segnala un'interferenza elettrica con il suo visore, e Boss cade in un'imboscata di droidi spazzini. Boss si dirige verso uno dei nuclei dati della nave per ricongiungersi con Sev, ma viene improvvisamente attaccato e catturato da un Trandoshan che fa parte di un nutrito gruppo di schiavisti e mercenari che hanno preso il controllo della nave. Dopo essersi sottratti alla cattura, Boss e Fixer si incontrano, ma vengono presto attaccati dai droidi da battaglia schierati dai Trandoshan. Dopo aver salvato i membri della squadra prigionieri, la Squadra Delta riprende il ponte della nave e distrugge un dispositivo di disturbo che ristabilisce le comunicazioni con il comando. Diventa chiaro che i Trandoshani intendono vendere la nave ai Separatisti in cambio di distributori di droidi da battaglia. Scendendo verso gli hangar, la Squadra Delta distrugge il vascello Trandoshan durante la ritirata. Subito dopo, una nave da guerra della Federazione dei Mercanti di classe Lucrehulk esce dall'iperspazio. Mentre i rinforzi della Repubblica sono in arrivo, la Squadra Delta difende la nave da orde di droidi da battaglia. Dopo aver respinto con successo le forze droidi in arrivo, la corazzata nemica inizia ad aprire il fuoco sul Prosecutor. La Squadra Delta si dirige verso il ponte di tiro per attivare i turbo laser della nave e difendersi. L'arrivo tempestivo di una seconda nave della Repubblica, il RAS Arrestor, fa guadagnare alla squadra il tempo sufficiente per attivare i turbolaser, distruggendo infine la corazzata separatista e spegnendo tutti i droidi da battaglia rimasti a bordo.