Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus - Video

Il gioco inizia con una battaglia con il Clan del Piede e Hun nel grattacielo di Oroku Saki. Il Piede viene sconfitto e il Maestro Splinter scompare misteriosamente. Le Tartarughe inseguono le tracce fino a un edificio con la scritta "T.C.R.I.", che si rivela nascondere un bizzarro segreto sotto la sua innocua facciata: i suoi dipendenti sono membri di una razza aliena simile al cervello, gli Utrom. Mentre combattono questi nuovi e strani nemici, le Tartarughe vengono accidentalmente teletrasportate in diversi punti della galassia, incontrano il Fugitoide Professor Honeycutt su D'Hoonib e finiscono sotto il fuoco incrociato della guerra tra i Triceraton e la Federazione: entrambe le parti cercano il Fugitoide per la sua tecnologia. Lungo la strada, si imbattono in un cacciatore di taglie intergalattico di nome Slashuur. Si dice che sia il più potente cacciatore di taglie dell'universo e Honeycutt ne ha sentito parlare da bambino. Ironia della sorte, è proprio Honeycutt che cerca Slashuur, essendo stato ingaggiato dai Triceraton per catturarlo. Dopo che le Tartarughe lo hanno sconfitto, Slashuur rivela di conoscere Hamato Yoshi prima di congedarsi. Prima di fuggire dal mondo natale dei Triceraton, le Tartarughe stringono amicizia e liberano un nobile guerriero Triceraton costretto a combattere come gladiatore, Traximus.

Al ritorno sulla Terra e nell'edificio della T.C.R.I., si scopre che gli Utrom hanno salvato un ferito, Splinter, e lo stanno curando. Gli Utrom mettono le TMNT e Splinter in una macchina per la realtà virtuale per spiegare loro meglio le loro origini. Centinaia di anni fa, gli Utrom viaggiavano attraverso la galassia, trasportando una canaglia assassina della loro specie, Ch'rell. La loro nave si schianta sulla Terra, nel Giappone. Ch'rell fugge, mentre gli Utrom sono costretti ad aspettare che la tecnologia terrestre si adegui alla loro per poter tornare a casa. Qualche tempo dopo, dopo che gli Utrom hanno chiesto l'aiuto di alcuni umani come Guardian Ninja, gli Utrom subiscono un'imboscata da parte di un signore della guerra pesantemente corazzato noto come Shredder. Nel frattempo, nel mondo reale, Baxter Stockman sabota la macchina per la realtà virtuale e i pericoli al suo interno diventano reali per le Tartarughe e Splinter. Dopo aver sconfitto Shredder e i suoi Piedi Ninja, le Tartarughe si incontrano con l'Utrom Mortu, che dà loro un dispositivo che permette di tornare nel mondo reale. Purtroppo, al loro arrivo, trovano Shredder e il Piede che attaccano l'edificio della T.C.R.I.. Durante il combattimento, viene piazzato un dispositivo di distruzione organica e gli Utrom fuggono attraverso il loro Transmat. Le Tartarughe sconfiggono Shredder prima che possa inseguirle e si scopre che non solo questo Shredder è lo stesso che hanno visto nel Giappone Feudale, ma è anche il malvagio Utrom Ch'rell! Le Tartarughe fuggono dall'edificio prima che il dispositivo si spenga, ma Ch'rell non è così fortunato.

Le Tartarughe incontrano poi nelle fogne un gigantesco alligatore antropomorfo di nome Leatherhead. Dopo una colluttazione, Leatherhead capisce che lui e le Tartarughe sono dalla stessa parte. Racconta la propria origine: un tempo era un cucciolo di alligatore, trovato da un Utrom e adottato. Leatherhead entrò in contatto con un Retromutagen Ooze e divenne come è attualmente, proprio come le Tartarughe. Visse con gli Utrom, considerandoli la sua famiglia. Quando l'edificio della T.C.R.I. esplose, fuggì nelle fogne e si stabilì nella vecchia tana delle Tartarughe, cercando di costruire un Transmat tutto suo per seguire gli Utrom. Purtroppo, si scopre che il suo partner in questa impresa non è altro che Baxter Stockman, che finge di allearsi con gli Utrom. Baxter, resosi conto che il gioco era fatto, lancia una bombola chimica e fugge, facendo crollare il soffitto della tana di Leatherhead. Leatherhead esorta i suoi nuovi amici a fuggire mentre tiene le macerie che crollano. Le Tartarughe fuggono appena in tempo per vedere il soffitto crollare interamente su Leatherhead.