Fallout 3 - Vídeos

A sequência introdutória apresenta o jogador ao pai da sua personagem, James, médico e cientista no Vault 101. James faz frequentemente comentários sobre a falecida mãe da personagem Catherine, e a sua passagem bíblica favorita, Apocalipse 21:6, que fala de "as águas da vida".

A busca principal começa depois do jogador ser forçado a fugir da Caixa-forte 101 quando James deixa o cofre, atirando-o para a anarquia e fazendo o Supervisor paranóico enviar a sua força de segurança atrás do jogador. A busca de James leva o personagem numa viagem através da Wasteland, primeiro à cidade vizinha de Megaton, nomeada pela bomba atómica não detonada no centro da cidade, depois à estação de rádio Galaxy News, cujo entusiasta DJ Três Cães dá ao jogador o moniker de "The Lone Wanderer". O jogador viaja para Rivet City, um porta-aviões abandonado que agora serve como assentamento humano fortificado. Aqui o jogador encontra o Doutor Li, um cientista que trabalhou ao lado do pai do jogador. O Dr. Li informa o jogador do Projecto Pureza, um plano concebido por Catherine e James para purificar toda a água da bacia da maré e eventualmente todo o rio Potomac com um purificador de água gigante construído no Jefferson Memorial. Contudo, os contínuos atrasos e a morte de Catherine durante o parto puseram fim ao projecto, e James tomou o carácter de recém-nascido do jogador para os criar na segurança do Vault 101.

Depois de investigar o Jefferson Memorial, o Andarilho Solitário segue James até ao Cofre 112, e liberta-o de um programa de realidade virtual a ser executado pelo Supervisor sádico do Cofre, o Dr. Braun. James e o jogador regressam a Rivet City, e James revela que procurou a Braun para obter informações sobre o Garden of Eden Creation Kit (G.E.C.K.), um dispositivo que contém os componentes necessários para finalmente activar o Project Purity. James e o Doutor Li conduzem uma equipa de cientistas da Cidade de Rivet ao memorial com a intenção de reiniciar o projecto, mas o memorial é invadido pelo Enclave, uma poderosa organização militar formada a partir dos restos do governo dos Estados Unidos antes da guerra. James inunda a sala de controlo do projecto com radiação para impedir o líder militar do Enclave, o Coronel Augustus Autumn, de assumir o controlo do mesmo, matando-se (mas a Autumn sobrevive), tendo as suas últimas palavras exortado o seu filho a fugir. O Vagabundo Solitário e o Dr. Li fogem para as ruínas do Pentágono, agora uma base para a Irmandade de Aço e agora conhecida como a Cidadela.

Com o Projecto Pureza ainda inoperacional mesmo com o Enclave a ocupar o local, o jogador viaja para o Vault 87 para encontrar um G.E.C.K. e terminar o trabalho de James. O jogador descobre que o Cofre é um local de teste para o FEV (Forced Evolutionary Virus), e a fonte dos Super Mutantes na Capital Wasteland. Depois de o jogador adquirir o G.E.C.K., o Wanderer é emboscado pelo Enclave e capturado.

Na base do Enclave em Raven Rock, o jogador é libertado da sua cela pelo líder do Enclave, o Presidente John Henry Eden, que solicita uma audiência privada com eles. A caminho do seu gabinete, porém, o Coronel Autumn desafia as ordens do Éden e assume o comando das forças armadas do Enclave, ordenando-lhes que matem o jogador. Lutando para chegar ao gabinete do Eden, o jogador descobre que o Eden é na realidade um supercomputador sensível da série ZAX que assumiu o controlo do Enclave após a sua derrota em Fallout 2 na Costa Oeste há trinta anos atrás. Eden deseja repetir o plano do então Presidente Dick Richardson utilizando o Projecto Pureza, infectando a água com uma estirpe modificada de FEV que a tornará tóxica para qualquer vida mutante. Este plano matará a maior parte da vida nos terrenos baldios, incluindo os humanos, mas o Enclave, devido à sua "pureza" genética como resultado do seu isolamento, será imune e livre para assumir o controlo da área. Ao Wanderer, fornecido com uma amostra do novo F.E.V., é dada a opção de sair pacificamente ou convencer o Éden a auto-destruir toda a base. O Vagabundo Solitário escapa ao Raven Rock e regressa à Cidadela.

Com o conhecimento que possuem, o G.E.C.K. e os meios para activar o Projecto Pureza, a Irmandade ataca o Jefferson Memorial, liderado por um robô gigante chamado Liberty Prime. Na sala de controlo do Projecto Pureza, o jogador confronta o Coronel Autumn, e tem a opção de o persuadir a desistir ou a matá-lo. O Dr. Li informa o jogador que o purificador está pronto para ser activado, mas o código de activação deve ser introduzido manualmente, e também que a sala de controlo está inundada com quantidades letais de radiação. O Vagabundo Solitário é forçado a escolher entre enviar Sarah Lyons da Irmandade dentro do purificador extremamente irradiado ou entrar ele próprio. Quem entra na câmara insinua o código através do jogo, ou seja, 21:6, e morre por causa de um pico de radiação.