Pokémon Puzzle Collection - Vídeos

O jogador pode escolher entre uma selecção de diferentes tipos de puzzles. Inicialmente, as únicas opções são Shadow Puzzle, Motion Puzzle, e Rescue Mission, mas após completar 30 puzzles, uma quarta variedade, Power On, é desbloqueada. Existem 20 puzzles para cada tipo, divididos em cinco níveis, com quatro puzzles para um nível. Quanto mais alto for o nível de um puzzle, mais difícil é o puzzle. Uma vez resolvido um puzzle, o Pokémon envolvido no puzzle é adicionado ao Pokédex do jogo, o Minidex.