Prince of Persia 2: The Shadow and the Flame - Vídeos

O jogo tem lugar onze dias após os acontecimentos do primeiro jogo. Durante este período, o Príncipe foi aclamado como um herói que derrotou o malvado Jaffar. Ele rejeita todas as riquezas e em vez disso pede a mão da Princesa em casamento como sua recompensa, com a qual o Sultão da Pérsia relutantemente concorda. O jogo começa quando o Príncipe entra nas cortes reais do palácio. Antes de ele entrar, a sua aparência muda para a de um mendigo. Ninguém o reconhece, e quando ele tenta falar com a Princesa, um homem que partilha a sua aparência (Jaffar, que está magicamente disfarçado) emerge das sombras, ordenando-lhe que seja expulso. Com guardas a persegui-lo, o Príncipe salta por uma janela e foge da cidade por meio de um navio.

Adormecendo no navio, o Príncipe sonha com uma mulher misteriosa que pede ao Príncipe para ir ter com ela. Neste momento, o navio é atingido por um relâmpago, lançado por Jaffar. Quando o Príncipe recupera a consciência, encontra-se na costa de uma ilha estrangeira. Ele chega a uma caverna cheia de esqueletos humanos reanimados que o combatem. Finalmente escapa num tapete mágico. Entretanto, na Pérsia, Jaffar toma o trono com o disfarce do príncipe. A Princesa fica doente sob o feitiço da morte gradual de Jaffar.

O tapete mágico leva o Príncipe para as ruínas de uma cidade velha cheia de fantasmas gritantes, cobras e armadilhas. Chegando ao que parece ter sido uma vez uma sala do trono, o Príncipe perde a consciência e a mulher misteriosa, revelada como sendo a sua mãe, aparece novamente. Ela explica que o Príncipe é de uma linhagem real e o único sobrevivente do massacre por "exércitos das trevas". Ela implora-lhe que vingue os caídos.

O Príncipe monta um cavalo mágico até um templo vermelho, habitado por monges guerreiros com toucas de pássaros. Lá, ele descobre que a sombra, criada nos acontecimentos do jogo original, pode agora deixar o seu corpo à sua vontade. Ele empunha a sua sombra para obter a chama mágica do templo, altura em que os guerreiros pássaros se ajoelham diante dele. Ele voa de volta para a Pérsia no cavalo mágico e confronta Jaffar. Com a sombra e a chama, o príncipe queima Jaffar, matando-o de vez.

Com o feitiço de Jaffar quebrado, a Princesa desperta. O Príncipe ordena que as cinzas do antigo Vizier sejam espalhadas. O jogo termina num penhasco quando uma velha bruxa é mostrada observando o casal feliz através de uma bola de cristal. Segundo Jordan Mechner, a trama da velha bruxa e dos "exércitos das trevas" foi definida para ser resolvida numa sequela, que nunca chegou.