Prototype 2 - Vídeos

Dois anos após os acontecimentos do jogo original, o Sargento James Heller, depois de regressar de uma tournée no Iraque, descobre que a sua mulher e filha foram declaradas mortas, fazendo-o regressar aos militares na luta por NYZ contra o vírus da Luz Negra. Heller é informado sobre os surtos anteriores em Idaho nos anos 60 e em NYZ nos eventos do primeiro jogo. Mais tarde, ele encontra Mercer e começa a persegui-lo.

Perseguindo Mercer por vingança, Heller é infectado por Mercer com uma estirpe que o imbui de capacidades sobre-humanas semelhantes. Após o apagão, Heller desperta num laboratório da Zona Amarela onde o cientista Gentek Dr. Anton Koenig e o Coronel Blackwatch Douglas Rooks fazem experiências com ele. Heller escapa da base Gentek, quando Mercer o confronta e afirma que Gentek e Blackwatch são responsáveis pela recriação e cultivo do vírus Blacklight, tornando-os responsáveis pela segunda infecção e pelas mortes da família de Heller. Revelando os seus planos para derrubar Gentek e Blackwatch, Mercer oferece uma trégua a Heller. Inseguro das intenções de Mercer, Heller dirige-se ao seu pastor local, Padre Luis Guerra, para obter conselhos e ajuda.

Usando a informação fornecida por Guerra, Heller entra nos Terminais Blacknet para descobrir e sabotar um certo número das suas operações. Consumindo gradualmente o seu caminho através de Blackwatch, Heller acaba por encontrar e confrontar Koenig, que afirma estar do seu lado e revela o programa de super-soldados de Blackwatch, codinome "Orion". Heller impede o Projecto: O progresso de Orion ao matar um super-soldado que foi injectado com o seu ADN. Depois de consumir um dos cientistas principais, Heller descobre que Koenig estava a observá-lo para encontrar as suas fraquezas. Enraivecido com a traição de Koenig, Heller localiza-o apenas para descobrir que ele tem poderes semelhantes a ele e Mercer, e é um dos vários agentes "em evolução" plantados em Gentek e Blackwatch por Mercer. Depois de derrotar e consumir o médico, Mercer revela a Heller que pretende recrutá-lo numa tentativa de controlar a Nova Zelândia. As suas dúvidas aumentam, Guerra mostra então a Heller uma fita de vídeo de Mercer a libertar o vírus pela segunda vez na Penn Station, o mesmo local onde Mercer originalmente libertou e contraiu o vírus.

Enraivecido com a fraude de Mercer, Heller parte para a Zona Verde para caçar os capangas de Mercer, incluindo uma agente em evolução em Gentek chamada Sabrina Galloway; ao confrontar Galloway, no entanto, Heller junta-se relutantemente a ela quando ela revela que o pode ajudar a derrubar Mercer. Com a ajuda de Galloway, Heller logo descobre que Mercer planeia infectar o mundo inteiro através da "Luz Branca", uma vacina contaminada libertada por Gentek que na realidade serve para acelerar a infecção e a evolução em vez de a prevenir.

Frustrado com Heller sabotando os seus planos, Mercer mata o Padre Guerra; ao encontrar o seu cadáver, porém, um Heller enlutado usa o telefone de Guerra para contactar Athena, o contacto de Guerra que se revela ser Dana Mercer. Dana explica que a filha de Heller, Maya, ainda está viva, levando Heller a dirigir-se para a Zona Vermelha para derrubar Mercer e salvar Maya. Depois de impedir a segunda tentativa de Blackwatch de nivelar a Ilha de Manhattan, Rooks ajuda Heller a alcançar a sua filha, apenas para que Galloway o traia e leve Maya a Mercer. Ao confrontar Mercer, ele revela que planeia resolver conflitos internacionais e problemas mundiais, infectando toda a raça humana, criando efectivamente um superorganismo com Maya no centro. Após Mercer ter absorvido Galloway e o restante Evolved, os dois se envolvem num duelo sangrento, apenas para James sair vitorioso e matar e consumir Mercer.

Subsequentemente, Heller elimina os infectados na Nova Zelândia juntamente com a maioria do Vírus da Luz Negra; depois, utilizando as memórias absorvidas de Mercer, Heller localiza e liberta Maya e Dana de um cofre. A história termina então com os três com vista para Nova Iorque, antes de Dana questionar o que fazer a seguir.