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O jogo segue-se a Alexander J. Mercer (expressado por Barry Pepper) que acorda numa morgue na cave de Gentek, uma empresa de engenharia genética sediada em Manhattan, enviando um par de cientistas que estavam prestes a realizar uma autópsia. Alex escapa, e testemunha os cientistas a serem abatidos a tiro por agentes militares. Alex é descoberto e atacado. Sobrevive a balas disparadas contra o peito, e salta por cima de um muro em segurança. Logo descobre que possui agora poderosas capacidades de mudança de formas, força sobre-humana, velocidade, agilidade, durabilidade, sentidos, resistência, armamento e a capacidade de "consumir" pessoas para ganhar as suas memórias, capacidades e aparência. Sem memória da sua vida anterior, Alex decide encontrar e consumir as relacionadas com a conspiração, a fim de descobrir a verdade. Durante a sua busca, Alex enfrenta duas facções: o Corpo de Fuzileiros Navais dos Estados Unidos e Blackwatch, uma unidade das forças especiais de Fort Detrick dedicada ao combate à guerra biológica; e os monstros infectados, criados por um vírus conhecido como BLACKLIGHT que está a invadir Manhattan. O Capitão Robert Cross (expresso por Jeffrey Pierce), um oficial de Blackwatch, recebe ordens para encontrar e conter Alex.

Alex entra em contacto com a sua irmã, Dana (expressa pelo Lago Bell), que o assiste na localização de alvos, levando à infiltração na sede de Gentek. Ele encontra uma jovem mulher chamada Elizabeth Greene contida no edifício. Greene é anfitriã de BLACKLIGHT e na sua fuga liberta-a em Manhattan. Dana dirige Alex para Karen Parker, a sua ex-namorada. Ela concorda em ajudá-lo a parar o vírus, enquanto exige que Alex traga de volta amostras do vírus. Karen mais tarde conduz Alex a uma armadilha, onde é confrontado por Cross. Durante a sua batalha, Alex quase derrotou Cross quando Cross mencionou "Penn Station", desencadeando um flashback que deixa Alex atordoado. Alex é injectado com um parasita que ameaça matá-lo. Alex procura a ajuda do Dr. Ragland, um patologista ligado a Gentek. Ragland ajuda Alex a remover o parasita e a transformá-lo numa arma contra Greene. No entanto, não tem qualquer efeito sobre Greene, pois o seu corpo rejeitou imediatamente o parasita, e a biomassa rejeitada forma um ser monstruoso, o Caçador Supremo, que Alex mata.

As origens do vírus e Elizabeth Greene são descobertas através de um contacto: em 1969 o governo testou o predecessor do vírus em Hope, Idaho, concebido para atingir raças pré-determinadas. O vírus sofreu uma mutação em algo muito mais mortal, e toda a população foi infectada. Elizabeth Greene foi a única sobrevivente; uma anomalia na biologia do seu corpo aceitou o vírus, reescrevendo o seu código genético juntamente com o do seu filho por nascer, com o nome de código PARIAH. A restante população de Hope, Idaho, foi liquidada por Blackwatch. Greene e PARIAH foram mantidos em cativeiro para investigação adicional.

Alex descobre o seu próprio passado: Blackwatch encerrou o projecto Gentek devido a fugas de informação e ordenou a eliminação de todo o pessoal do projecto. Alex Mercer tirou uma amostra de BLACKLIGHT como "seguro". Acabou por ser apanhado pelo Blackwatch na Penn Station. Alex, num acto final de desespero e vingança, estilhaça o frasco contendo o BLACKLIGHT, libertando o vírus antes de ser abatido a tiro. O vírus entrou na corrente sanguínea de Mercer através dos orifícios da bala e reparou o seu corpo a nível celular.

O contacto e Alex bombeiam um novo agente biológico "BLOODTOX" no subsolo, a fim de conduzir o vírus acima do solo onde pode ser combatido directamente, fazendo emergir Greene, envolto numa monstruosidade gigantesca. Greene cai do monstro em forma humana uma vez derrotado, e é consumido por Alex. Através das suas memórias, torna-se evidente que o General Randall, chefe do Blackwatch, está preparado para destruir Manhattan com uma arma nuclear. O contacto, revelado como sendo Cross. Alex com a ajuda dos Capitães, infiltra-se no USS Ronald Reagan para deter Randall. Quando Alex consome Randall, Cross é revelado como sendo o Caçador Supremo, que assumiu a identidade de Cross depois de o consumir, e ataca Alex, afirmando que quando Blackwatch sair de NYZ deixará de estar à procura de infectado, e que depois de consumir Alex, será então suficientemente forte para sobreviver à detonação nuclear. Alex derrota o Caçador Supremo e move a arma para o Oceano Atlântico com um helicóptero, onde ela detona e o apanha na explosão. Os seus restos mortais flutuam de volta para a cidade e regeneram depois de consumir um corvo.

Durante os créditos, revela-se que o público considera que foram os militares que impediram a infecção; um senador norte-americano é ouvido a dizer aos meios de comunicação social que os acontecimentos em Manhattan foram um caso de terrorismo nuclear e biológico, e promete retribuição aos responsáveis. Alex, reflectindo sobre os acontecimentos ocorridos e a verdade que descobriu sobre si próprio, afirma ter-se "tornado algo menos do que humano, mas também algo mais". Após os créditos, Manhattan está a recuperar lentamente, o vírus foi quase completamente erradicado. Alex, em cima do Edifício Reuters em Times Square, comenta que o seu trabalho está quase terminado.