StarCraft 64 - Vídeos

O jogo em si é dividido em três episódios, um para o jogador comandar cada raça. No primeiro segmento do jogo, o jogador e Jim Raynor estão a tentar controlar a colónia de Mar Sara, na sequência dos ataques Zergs a outros mundos Terrestres.
A segunda campanha revela que Kerrigan não foi morta pelos Zergs, mas sim capturada e infestada num esforço para incorporar os seus traços psionais no património genético dos Zergs.
O episódio final do jogo vê Aldaris e o governo Protoss a marcar Tassadar como traidor e herege por conspirar com o templário negro. O jogador inicialmente serve Aldaris na defesa de Aiur da invasão Zerg, mas enquanto numa missão para prender Tassadar, o jogador junta-se a ele em vez disso.