Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus - Vídeos

O jogo começa com uma batalha com o Clã Foot e Hun no arranha-céus de Oroku Saki. O Foot é derrotado, e o Mestre Splinter desaparece misteriosamente. As Tartarugas perseguem o rasto até um edifício marcado "T.C.R.I.", o que prova esconder um segredo bizarro sob o seu exterior inócuo: os seus empregados são membros de uma raça extraterrestre parecida com o cérebro, os Utroms. Enquanto lutam contra estes estranhos novos inimigos, as Tartarugas são acidentalmente teleportadas para diferentes pontos da galáxia, encontrando-se com o Professor Fugitoide Honeycutt em D'Hoonib, e acabam como fogo cruzado na guerra entre os Triceratons e a Federação - ambos os lados estão atrás do Fugitoide pela sua tecnologia. Pelo caminho, deparam-se com um caçador de recompensas intergaláctico chamado Slashuur. Dito ser o caçador de recompensas mais poderoso do universo, Honeycutt ouviu lendas sobre ele quando era uma criança. Ironicamente, Honeycutt é quem Slashuur procura, tendo sido contratado pelos Triceratons para o capturar. Depois das Tartarugas o terem vencido, Slashuur revela que tem conhecimento de Hamato Yoshi antes de se despedir dele. Antes de escapar ao mundo natal de Triceraton, as Tartarugas fizeram amizade e libertaram um nobre guerreiro Triceraton que tinha sido forçado a lutar como gladiador, Traximus.

Ao regressar à Terra e ao edifício T.C.R.I., é revelado que os Utroms tinham resgatado um Splinter ferido e estavam a cuidar dele. Os Utroms colocam o TMNT e o Splinter numa máquina de realidade virtual para melhor lhes explicar as suas origens. Há centenas de anos atrás, os Utroms viajavam pela galáxia, transportando um velhaco assassino da sua espécie, Ch'rell. A sua nave despenhou-se na Terra, no país do Japão. Os Ch'rell fogem, enquanto os Utroms são forçados a esperar que a tecnologia da Terra os apanhe, para poderem regressar a casa. Algum tempo depois, após os Utroms terem recorrido à ajuda de alguns humanos como Ninja Guardião, os Utroms são emboscados por um senhor da guerra fortemente armado conhecido como The Shredder. Entretanto, no mundo real, Baxter Stockman sabota a máquina da realidade virtual, e os perigos dentro dela tornam-se apresentados como reais às Tartarugas e ao Splinter. Depois de derrotar Shredder e o seu Ninja Feudal Foot, a Tartaruga encontra-se com o Utrom Mortu, que lhes dá um dispositivo que lhes permite regressar ao mundo real. Infelizmente, quando lá chegam, encontram o Shredder e o Pé a atacar o edifício T.C.R.I. Durante a sua luta, é plantado um dispositivo de destruição orgânica, e o Utrom escapa através do seu Transmat. As Tartarugas derrotam Shredder antes que ele possa persegui-las, e revela-se que este Shredder não só é o mesmo que viram no Japão Feudal, mas também é o malvado Utrom Ch'rell! As Tartarugas escapam do edifício antes do dispositivo explodir, mas Ch'rell não tem tanta sorte.

As tartarugas encontram mais tarde um gigantesco jacaré antropomórfico nos esgotos, com o nome de Leatherhead. Após um confronto, Leatherhead apercebe-se que ele e as tartarugas estão do mesmo lado. Ele conta a sua própria origem; que já foi um bebé jacaré, encontrado por um Utrom e adoptado. Leatherhead entrou em contacto com algum Retromutagen Ooze, e tornou-se como é actualmente, tal como as Tartarugas tinham. Ele viveu com os Utroms, considerando-os a sua família. Quando o edifício T.C.R.I. explodiu, ele fugiu para os esgotos e instalou-se no antigo covil das Tartarugas, tentando construir um Transmat próprio para seguir os Utroms. Infelizmente, revela-se que o seu parceiro nesta empreitada não era outro senão Baxter Stockman, fingindo uma aliança com os Utroms. Baxter, apercebendo-se de que a sua farsa estava levantada, atirou um tanque químico e fugiu, provocando o colapso do tecto do covil de Leatherhead. Leatherhead exorta os seus novos amigos a fugir enquanto segurava os escombros em colapso. As tartarugas escaparam mesmo a tempo de ver o tecto desmoronar-se na sua totalidade em Leatherhead.