Teenage Mutant Ninja Turtles: Smash-Up

O enredo envolve o Splinter a realizar um torneio para os seus filhos, Casey Jones, e April O'Neil; o próprio Splinter também decide participar no torneio. Após o vencedor ser coroado, é-lhes dito que escolham um troféu e algo do armário pessoal de Splinter. Contudo, de repente, o Professor Honeycutt chama-os na linha de socorro, dizendo às tartarugas que foi raptado pelo Shredder. O Shredder interrompe a comunicação e indica que a linha não está segura e zomba das Tartarugas, dizendo que não vão recuperar o Fugitoid. Pondering outside, Karai aparece e diz que o Shredder capturou o Fugitoid a fim de o forçar a fazer um Transmat para teletransportar os seus exércitos por todo o mundo.

Depois de derrotar o Shredder, Karai revela que usou as tartarugas para se livrar do Shredder para poder usurpar o Clã Foot ao seu pai. O Shredder recua, e o Leonardo chuta-o para dentro do Karai. Honeycutt liga o interruptor do Transmat, no qual Shredder e Karai aterraram, e teletransporta-os para partes desconhecidas. De volta ao esgoto, Splinter apresenta os prémios ao vencedor do torneio.

O jogo vem com uma banda desenhada que descreve a história de forma mais detalhada, até antes da derrota do Shredder. As cenas que não estavam no jogo incluem Donatello a manipular o Ceptro de Tempo da Renet para transportá-los para a base de Shredder em Tōkyō, mas funciona mal e eles zapam através do tempo, o que fornece uma explicação para as fases bizarras, tais como o Velho Oeste e o Castelo Japonês. No seu primeiro teletransporte com o Ceptro, um jacaré gigante rebenta por uma parede de esgoto, que é acidentalmente transportado para uma floresta tropical amazónica, o que explica o perigo da fase do jacaré tanto na fase do Esgoto como na da Amazónia. Enquanto no castelo japonês, as tartarugas enfrentam um exército de samurais, que se revela ser o demónio japonês conhecido como Oni. A história termina após o resgate do Fugitoid, e o Shredder aparece para a batalha.