Pokémon Pearl Version - Vídeo

Los juegos narran las aventuras de un nuevo entrenador Pokémon que se esfuerza por convertirse en el campeón de la Liga Pokémon coleccionando y entrenando Pokémon. Como la mayoría de los juegos de la serie, Diamante y Perla cuentan con ocho gimnasios Pokémon dirigidos por los Líderes de Gimnasio, entrenadores profesionales cuya experiencia radica en un tipo de Pokémon concreto. Los Líderes de Gimnasio (Roark, Gardenia, Maylene, Wake, Fantina, Byron, Candace y Volkner) actúan como jefes y recompensan a los entrenadores expertos con insignias de Gimnasio, clave para el avance de la trama. Al igual que en Rubí y Zafiro, el protagonista también debe frustrar los planes de un sindicato del crimen (y aquí es el Equipo Galáctico), que planea utilizar a los Pokémon para reestructurar la región en una utopía.

Como todos los demás RPG de Pokémon, Diamante y Perla comienza en la ciudad natal del protagonista. Después de ver un reportaje de televisión sobre la búsqueda de un Gyarados Rojo realizada por los medios de comunicación, que fue visto en un lago lejano (el Lago de la Furia de Johto), el protagonista y su mejor amigo viajan juntos para comprobar si hay un Pokémon parecido en el lago local. Localizan al profesor Rowan, un investigador de la evolución de los Pokémon, y a su ayudante, el personaje jugable no seleccionado en el juego: Lucas (chico) o Dawn (chica). Tras una breve discusión, el profesor y su ayudante abandonan el lago, dejando un maletín. Cuando son atacados por el salvaje Starly, el protagonista y su rival examinan el maletín. A continuación, el jugador puede elegir entre los tres Pokémon que se encuentran en el maletín (Turtwig, Chimchar o Piplup) con los que luchar contra los Starly. Tras derrotar al Starly, Lucas o Dawn recuperan y devuelven el maletín al profesor. Al notar que se ha forjado un vínculo entre el joven protagonista y su Pokémon elegido, Rowan se lo ofrece, pidiéndole que se embarque en un viaje y llene su Pokédex.

El protagonista se encuentra con el antagonista principal, el Equipo Galáctico, al principio del juego, cuando debe salvar al Profesor Rowan de sus matones; sin embargo, sus motivos no están claros hasta más adelante. El protagonista se encuentra con el Equipo dos veces (cuando se apodera de un parque eólico y cuando establece una base en Ciudad Eterna) antes de que se apodere de los tres lagos de Sinnoh en un intento de capturar a los Pokémon Espejismo (Uxie, Azelf y Mesprit). Poco después de que el jugador consiga su séptima Insignia de Gimnasio, el Equipo Galáctico captura a los Pokémon Mirage y los encarcela dentro del laboratorio científico del edificio de la sede del Equipo Galáctico, donde sus miembros extraen cristales de los Pokémon para crear la Cadena Roja, un objeto que puede controlar a los Pokémon legendarios Palkia (en Perla) o Dialga (en Diamante) (ambos en Pokémon Platino, aunque Giratina aparece después). Tras liberar al trío, el protagonista puede acceder a la cueva situada en la cima del Monte Coronet, donde el líder del Equipo Galáctico despierta a Dialga o Palkia. Los poderes del Pokémon legendario comienzan a abrumar a Sinnoh, haciendo que los recién liberados Uxie, Azelf y Mesprit intenten detenerlo. El jugador lucha entonces contra Palkia/Dialga; tras derrotar o capturar al Pokémon, Sinnoh vuelve a la normalidad. Después de esto, el jugador continuará luchando contra la Liga Pokémon de la Región de Sinnoh: Aaron, Bertha, Flint y Lucian. Tras derrotar a los cuatro miembros, el jugador luchará contra la campeona de la Liga de Sinnoh, una mujer llamada Cynthia, que ya había aparecido antes en el juego. Si el protagonista vence a Cynthia, se convertirá en el nuevo campeón de la Liga de Sinnoh, superando el juego. Una vez que el jugador supera el juego, hay una nueva isla para explorar que está llena de otros tipos de Pokémon. Su viejo amigo, que le retó a batallas en múltiples ocasiones, le estará esperando aquí. El viejo amigo retará al jugador a otra batalla. En esta isla también hay tiendas y un centro de torneos.